一、违规调整土地利用总体规划
建设用地指标置换不可避免的要涉及土地利用总体规划的调整。《土地管理法》第二十六条规定“经批准的土地利用总体规划的修改，需经原批准机关批准；未经批准，不得改变土地利用总体规划确定的土地用途”，同时规定“经国务院批准的大型能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，根据国务院的批准文件修改土地利用总体规划”，“经省、自治区、直辖市人民政府批准的能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，属于省级人民政府土地利用总体规划批准权限内的，根据省级人民政府的批准文件修改土地利用总体规划”。可见，只有能源、交通、水利等基础设施建设用地，需要改变土地利用总体规划的，才能经原批准机关批准后调整规划。但是，在审计中发现，调整规划后的置换指标并未全部用于能源、交通、水利等基础设施建设，而是用于园区开发和其他项目建设。
二、逃避法定审批程序侵占基本农田
从审计情况看，某市指标调剂规模较大且涉及大量的基本农田。根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》规定，除国家能源、交通、水利和军事设施等重点建设项目以外，其他非农业建设项目一律不得占用基本农田。确需占用基本农田并符合法律规定，涉及农用地转用和征用土地的，必须按法定程序报国务院批准。然而，某市在建设用地涉及基本农田时，往往通过指标置换，通过调整县、乡、镇级土地利用总体规划，擅自改变基本农田的数量与布局，规避报批占用基本农田。 在建设用地指标置换和耕地异地保护中，占用的耕地多数是好地和熟地甚至是基本农田，而补充的耕地一般选择山坡地、盐碱地、生地等，加上对这些新增耕地投入不足，即使在数量上实现了耕地的占补平衡，但是质量明显下降，粮食生产能力不能得到保证。
三、无依据收取建设用地指标款且支出混乱
某市国土资源局在未经审批且无任何依据的情况下向建设用地单位收取购买建设用地指标款近2亿元，拨付各县（市）和有关农垦农场用于购买建设用地指标0.6亿元，虽然此款项的支出没有明确的政策依据，但是本着耕地占补平衡的原则，此款项应用于耕地的开发和改善新增耕地的质量，但根据检查情况，收到建设用地指标款的县（市）将此款多用于弥补自身经费不足等与耕地保护毫无关系的支出，使得建设用地指标款成了出售建设用地指标的县（市）的经费来源，其实质是有关单位通过出售建设用地指标为本单位谋取利益。
四、不利于城乡一体化的和谐发展
建设用地指标的置换，使得中心城市的建设用地指标增加，周边县（市）的建设用地指标相应减少，将不利于出售建设用地指标县（市）的长远经济发展，同时由于中心城市获得了更多的招商引资的机会，经济发展速度更快，进一步拉大了中心城市与周边县（市）经济发展的差距，从而拉大了二者在基础设施、教育、医疗等各方面的差距，这不符合我国建设社会主义和谐社会的目标，不利于城乡经济统筹发展。
产生上述问题的原因是随着经济发展速度的加快，一些中心城市出现了规划建设用地指标短缺，土地储备资源匮乏，补充耕地困难的问题。而经济发展相对较慢的城市，规划建设占用耕地指标相对富余，整理开发增加耕地的潜力较大。于是中心城市为了自身的经济发展，采取行政命令和经济诱导的双重手段从辖区县（市）有偿置换建设用地指标。
建设用地指标的随意置换，势必危及耕地乃至基本农田的保护，降低耕地的质量。为此，应积极采取措施，限制建设用地指标的置换，保护有限的耕地资源。建议国家有关部门尽快出台相关政策，明令禁止任何形式的建设用地指标置换，使地方各有关部门执行最严格的土地管理制度，严格遵守土地利用总体规划；国家有关部门应定期对各地的各级土地利用总体规划进行审查，严禁各地通过调整县、乡（镇）级土地利用总体规划，擅自改变基本农田的数量和布局；严禁各地通过修改或调整城镇土地利用总体规划，降低基本农田保护质量，切实保护耕地特别是基本农田，坚守我国18亿亩耕地的红线；建议规范国土部门的收费，杜绝无任何依据收费的现象发生，掐断了部门和地方的不正当经济利益，就从源头上掐断了其违规使用土地资源的可能。
2100433B
电力工程项目建设用地指标发布实施
电力工程项目建设用地指标(风电场)(建标〔2011〕209号)
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