光学显微镜有多种分类方法，按使用目镜的数目可分为三目，双目和单目显微镜；按图像是否有立体感可分为立体视觉和非立体视觉显微镜；按观察对像可分为生物和金相显微镜等；按光学原理可分为偏光，相衬和微分干涉对比显微镜等；按光源类型可分为普通光、荧光、红外光和激光显微镜等；按接收器类型可分为目视、摄影和电视显微镜等。常用的显微镜有双目连续变倍体视显微镜、金相显微镜、偏光显微镜、紫外荧光显微镜等。

双目体视显微镜是利用双通道光路，为左右两眼提供一个具有立体感的图像。它实质上是两个单镜筒显微镜并列放置，两个镜筒的光轴构成相当于人们用双目观察一个物体时所形成的视角，以此形成三维空间的立体视觉图像。双目体视显微镜在生物、医学领域广泛用于切片操作和显微外科手术；在工业中用于微小零件和集成电路的观测、装配、检查等工作。

金相显微镜是专门用于观察金属和矿物等不透明物体金相组织的显微镜。这些不透明物体无法在普通的透射光显微镜中观察，故金相和普通显微镜的主要差别在于前者以反射光，而后者以透射光照明。在金相显微镜中照明光束从物镜方向射到被观察物体表面，被物面反射后再返回物镜成像。这种反射照明方式也广泛用于集成电路硅片的检测工作。紫外荧光显微镜是用紫外光激发荧光来进行观察的显微镜。某些标本在可见光中觉察不到结构细节，但经过染色处理，以紫外光照射时可因荧光作用而发射可见光，形成可见的图像。这类显微镜常用于生物学和医学中。

电视显微镜和电荷耦合器显微镜是以电视摄像靶或电荷耦合器作为接收元件的显微镜。在显微镜的实像面处装入电视摄像靶或电荷耦合器取代人眼作为接收器，通过这些光电器件把光学图像转换成电信号的图像，然后对之进行尺寸检测、颗粒计数等工作。这类显微镜的可以与计算机联用，这便于实现检测和信息处理的自动化，多应用于需要进行大量繁琐检测工作的场合。

扫描显微镜是成像光束能相对于物面作扫描运动的显微镜 。在扫描显微镜中依靠缩小视场来保证物镜达到最高的分辨率，同时用光学或机械扫描的方法，使成像光束相对于物面在较大视场范围内进行扫描，并用信息处理技术来获得合成的大面积图像信息。这类显微镜适用于需要高分辨率的大视场图像的观测。粗准焦螺旋：大范围上下调动镜筒。

细准焦螺旋：小范围上下调动镜筒。

随着现代生物技术的发展和人们对显微镜要求的提高，单一的光学显微成像系统已经远远不能满足人们显微摄影的要求。数码显微镜的面市，标志着光学显微镜从此进入到一个新的数码时代。数码显微镜不仅结合了光学显微镜良好的成像特点，更将其与先进的光电转换技术、液晶屏幕技术结合，使显微镜在具有显微观察本领的同时，更实现了显微图像的数字化存储和传输。

然而，数码显微镜高昂的成本并没有使其得到广泛的应用，一种新型的显微数码产品——显微数字摄像头也随之产生。显微数字摄像头作为一种专用的显微数字相机，能够方便地链接到任意的显微镜上，实现光学显微镜向数码显微镜的转化。

作为光学显微镜的必备配件，显微数字摄像头也根据不同的需要分为很多个不同的等级，有的比较适合对图像的要求比较高的，有的比较适合一般化的需求。作为一种方便快捷的显微摄像系统，显微数字摄像头将得到极大的应用。

光学显微镜的配件有目镜物镜和光源等等，当然随着科技的发展，光学显微镜逐渐也配备了摄像系统，这样就可以在显示器上显示出来了，观看的时候也比较方便了。

另外光源显微镜的光源也比较重要，配备的时候光源有环形光源也有，夹式的光源。光学显微镜的底座也不尽相同，有的是塑料材质的，有的是合金的，好一点的是合金的材质，合金的不容易变形。放大的倍数也不大一样，有的可以连续变倍，有的只有一个倍数，或者两个倍数。

显微镜是一种精密的光学仪器，已有300多年的发展史。自从有了显微镜，人们看到了过去看不到的许多微小生物和构成生物的基本单元——细胞。不仅有能放大千余倍的光学显微镜，而且有放大几十万倍的电子显微镜，使我们对生物体的生命活动规律有了更进一步的认识。在普通中学生物教学大纲中规定的实验中，大部分要通过显微镜来完成，因此，显微镜性能的好坏是做好观察实验的关键。