主要职责：组织开展环境监察执法，督查督办或直接查处重大环境违法案件；组织实施限期治理、排污申报登记、排污收费、企业环境监督员等环境管理制度；负责省审批建设项目环境保护“三同时” 制度监督检查工作；负责主要污染物减排现场核查；指导和协调解决跨地区、跨流域的重大环境问题和污染纠纷；

青海省环境监察总队内设五室一中心，即办公室、监察一室、监察二室、监察三室、监察四室、污染源监控中心，领导职数3人，总队长1名，副总队长2名。

一科：

负责总队行政事务、综合协调等工作；负责指导全区环境监察标准化建设；完成领导交办各项工作。

二科：

负责全区有关排污收费工作；环保专项行动等现场环境监察，完成领导交办各项工作。

三科：

负责指导、协调全区重大环境污染纠纷和事故的调查处理；负责办理有关环境监察的来信来访，完成领导交办各项工作。

四科：

负责全区污染源在线监控建设及管理等；

负责与在线监控有关的现场环境监察；完成领导交办各项工作。

青海省环境监察总队现有编制17人，随着环境保护事业的不断发展，作为一支专职的环境执法队伍，在打击环境违法行为，保障人民群众合法环境权益，维护社会稳定，保护环境安全等方面，发挥了巨大的作用，得到青海省委省政府的充分肯定，同时，也得到社会的广泛认可。

2003年事业单位机构改革中，环境保护机构得到加强，环境监察队伍也不例外，单位从副县级升格为正县级，单位性质为行政管理类事业单位，依照公务员管理，编制25人，单位名称更名为青海省环境监察总队。