氟化铯在有机化学里是很好的盐基，主要是因为它的氟离子亲核性不强。 有研究指出氟化铯比氟化钾或氟化钠进行Knoevenagel缩合反应的效率都还要高。除此之外，由于氟化铯适用于脱含硅保护基，因此它和四氢呋喃或二甲基甲酰胺反应可以把许多有机硅化合物转换成有机硅氟化合物和一个碳负离子。例如:

氟化铯还可以应用脱甲硅基反应脱去硅基保护基。

氟化铯也是向有机化合物中引入氟的重要原料。例如氟化铯与六氟丙酮会反应成全氟烷氧基铯盐，60 °C以下都是稳定的，比相应的钾盐和钠盐都要稳定得多。 由于远红外线可以轻松的穿越氟化铯晶体，因此氟化铯的晶体可用于红外光谱学。