根据上述职责，区水务局设4个股室：办公室、水利工程建设股、水政资源股、水务管理股。

区人民政府防汛抗旱指挥部办公室

(一)贯彻执行国家、省、市有关水务工作的法律、法规和方针政策，拟定水务工作中长期规划，组织起草有关水务管理的实施细则和管理办法等文件，经批准后组织实施。

(二)统一管理水资源(含空中水、地表水、地下水)。组织拟定供水中长期计划、水量分配方案；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重要建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度。

(三)根据国家、省、市节约用水政策，制定节约用水规范性文件，编制节约用水规划，组织、指导和监督节约用水工作。

(四)按照国家和省、市有关资源与环境保护的法律、法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测河流、水库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。

(五)组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和镇(街道)间的水事纠纷。

(六)负责对水利建设资金使用进行引导、监控；负责水行业供水及多种经营工作；研究提出有关水价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。

(七)编制、审查重要水利工程的项目建议书、可行性研究报告和初步设计文件，并按规定的基本建设程序办理审批手续；组织水利科研，负责新工艺、新设备、新技术的推广与应用；监督实施水利行业有关的技术质量标准、规程、规范；指导和管理水利工程建筑市场，规范建筑市场行为；指导、监督和管理水利工程招投标、工程监理以及工程质量和安全。

(八)组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织、指导主要河道、河口的治理和开发，负责海岸滩涂的围垦工作和海堤建设与管理工作；办理跨区河流协调事务；组织建设、指导和管理水利工程；指导监管水库及大坝的安全。

(九)指导农村水利工作；组织协调农村水利基本建设。

(十)做好水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织对水土流失的监测和综合防治。

(十一)负责城乡供水管理工作，组织、协调、监督、指导城乡供水企业经营管理、安全生产等工作。

(十二)承担区政府防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全区防洪工作，对主要河流和重要水利工程实施防汛抗旱调度。

(十三)承办区委、区政府交办的其他事项。

根据《中共莆田市委、莆田市人民政府关于印发莆田市秀屿区机构设置方案的通知》（莆委[2002]74号），设置莆田市秀屿区水务局。莆田市秀屿区水务局是区政府的工作部门，机构规格为正科级。

莆田市秀屿区水务局内设办公室。

莆田市秀屿区水务局机关行政编制4名，其中局长1名，副局长2名。