日本扁萼苔生长于海拔850-2304米林下树干或树基生。

日本扁萼苔产于马关、丘北。分布于广西、广东、海南。朝鲜、日本也有。

它的植物体中等大，挺硬，标本油绿稍带褐色。茎长0.5-2厘米，直径0.08-0.1毫米，带叶宽1.4-1.5毫米，分枝不规则，横向或斜向上伸出，长2-5毫米，直径约0.07毫米，带叶宽0.7-0.9毫米;茎的横切面6个细胞粗，皮部细胞带褐色，略小于内部细胞，有小或稍大的三角体。茎叶背瓣密或疏覆瓦状排列，卵状瓢形，长0.6-0.7毫米，宽0.5-0.6毫米，稍凸出，覆盖部分茎;边细胞6-10×5-7微米，中部细胞16-18×11-16微米，薄壁，三角体小但明显，基部细胞23-26×11-17微米，薄壁，三角体小;表面平滑;腹瓣方形，约为背瓣的1/2长，长0.3-0.4毫米，宽0.25-0.3毫米，先端圆直角形，近茎与远茎边均直，基部约覆盖茎的1/3-1/2宽，鞘状区稍膨胀;假根区凸起或不明显，假根少，淡褐色;背脊与茎成70度角，长0.3-0.4毫米，稍有陷凹，或弧形，但不背仰下延。雌雄异株。雄穗顶生或间生，具3-8对苞叶。雌苞生于茎枝顶端，具2苞叶;苞叶背瓣卵圆形，先端圆钝，腹瓣弯长方形，先端圆钝，背脊背仰弯曲。蒴萼扁短筒形，长1.5-1.8毫米，中部宽1-1.2毫米，有两条纵裂瓣。

​植物体小，标本黄绿色。茎长4－10毫米，直径0.1－0.13 毫米，带叶宽1.8－2毫米，具不规则羽状分枝，分枝向上斜伸出，较短，一般2－3毫米长，直径约0.08毫米，带叶宽0.6－1毫米；茎的横切面6个细胞粗，皮部和茎中部细胞同形，薄壁，具小三角体。叶背瓣稀疏或密覆瓦状，向侧方伸出，近似平展或略呈瓢形内凹，卵圆形，长0.8－0.9毫米，宽0.6－0.8毫米，先端圆钝，内曲或直，背缘基部弧形，完全覆盖茎。

芽胞少，生于边缘上，小盘形；叶边细胞10－12×6－10微米，中部17－20×10－15微米，薄壁，具小三角体，基部细胞19－22×13－16微米；表面平滑；腹瓣体积较大，方形或近似方形，贴在背瓣上，约为背瓣的1/2大，长0.4－0.5毫米，宽0.2－0.3毫米，先端钝或截形，与茎平行，上边直，近基部弧形，成钝角，常覆盖茎的1/3－1/2宽，鞘状部分不或稍膨起；假根区凸起或不明显，假根少，透明或褐色；背脊外伸与茎呈70－80度角，长0.3－0.4毫米，直或略有小弯，凹处钝或不明显。雌雄同株。精子器枝常生于雌苞下方，有2－4对苞叶。雌苞生于顶端，常具2对苞叶，苞叶背瓣常为卵圆形，先端圆钝，腹瓣常较短，背脊多背凸弧形。蒴萼扁筒形，长1.2－1.5毫米，中部宽约0.9毫米，口宽大，平滑。

生于海拔1400－3500米树枝或岩面薄土上。

带叶宽0.7-0.9毫米;茎横切面5-6个细胞粗，皮部和中部细胞薄壁或稍厚，有大的三角体，皮部细胞淡褐色。叶背瓣疏覆瓦状排列，横向伸出，稍内凹，常脱落，弯卵圆形，长0.7-0.8毫米，宽0.5-0.6毫米，先端圆，近平展，背边基部完全覆盖茎;边缘细胞14-17×10-15微米，中部细胞16-18×13-17微米，薄壁，具小三角体，基部细胞22-30×13-17微米，薄壁，联合处三角体明显;角质层平滑;腹瓣近似方形，约为背瓣的1/2长，0.3-0.4毫米长，宽0.2-0.3毫米，先端钝，远茎边直，近茎边多少都有点弓形，下部向茎呈弧形弯曲，覆盖茎的1/5-1/4，鞘部囊状;假根区凸起丘状，假根少，淡褐色，背脊与茎成65度角，长0.25-0.35毫米，强烈弧形，不下延，弯缺钝深。雌雄异株。雄穗生于茎顶或侧生于短枝顶端，苞叶3-4对。雌苞顶生或生于侧枝顶端，常两个苞叶;苞叶背瓣卵圆形，先端圆钝，苞叶腹瓣长椭圆形，背脊稍呈弧形。蒴萼扁筒形，长约2毫米，中部宽0.6毫米，口部有弱的残波状，具有背或腹纵长褶。