根据以上职责，上海崇明新城建设发展有限公司设4个职能部门、1家控股子公司和1家全资子公司：
（一） 行政部
主要职责：负责文书的起草、审核、签发、印制，文件的收发、传阅、立卷、归档工作；负责各类信息收集、汇总、分析、审核、上报工作；负责对公司重大决策、重点工作以及领导批示事宜的督查督办，协调各部门之间工作关系，应急处置相关突发事件；负责公司各门类档案材料的收集、分类、整理、立卷和利用工作；负责公司会务管理和行政接待工作；负责新城宣传总体策划和公司企业文化建设；负责印章管理，按规定办理公司内各种证明、证件、介绍信、文件、合同等用印；负责公司的人事、保密、信访、IT、车辆、绿化保洁、办公用品及财产管理等相关管理；完成领导交办的其它工作。
（二） 计划财务部
主要职责：根据崇明新城建设推进情况，落实资金预算管理，监控公司资金运行与建设规模发展速度的关系，加强成本控制和过程管理；熟悉了解、掌握现行的财税政策，贯彻执行《会计法》等法律法规，规范企业核算体系，加强企业内控制度，确保会计信息真实、完整，国有资产保值增值；提出融资方案，协调与银行等金融机构的关系，做好融资工作；递交月度、季度、年度财务资料及分析报告，提出改善财务状况的建议；负责公司财务日常收支工作，及时编制报送各类财务报表；配合国家审计机关对公司的每年一次的审计，以及公司承建工程项目的决算审计工作，并监督公司及所属的子公司、分公司的经营状况、财务管理、债权债务等情况；参与对公司资产的转让、报废，以及相关合同的审签工作；负责部门归口资料的收集、保管、保密工作；完成领导交办的其他工作。
（三） 开发部
主要职责：落实在崇明新城总体规划框架下修建性规划完善和其它各项规划的督办；负责对开发项目进行可行性调查研究，编写项目开发的可行性分析报告；就具体建设项目办理相应的规划、用地、建设等手续；负责开发地块的土地补偿金、青苗费、地上附属物的补偿；负责新城开发区域养老吸劳安置、新城开发各村土地流转集中经营管理职能；配合当地政府做好开发地块的动迁安置工作；负责组织土地公开出让条件的征询，协同县有关部门做好土地出让工作；负责新城招商引资项目的征集、筛选、论证和对外推介工作，落实重点项目的前期工作，做好项目储备等工作；做好引进项目的协调服务工作；承担动迁安置、招商引资、土地出让等方面政策、法律法规的咨询工作；负责部门归口资料的收集、保管、保密工作；完成领导交办的其他工作。
（四） 工程部
主要职责：负责公司承建的各类工程项目的方案设计、初步设计、施工图设计的编制、报批及对施工项目的监督管理和竣工验收，协调建设推进过程中出现的有关问题；负责相关项目的招投标工作；负责对新城范围内工程质量、安全生产、食品安全、应急突发机制的监管，参与对建设工程重大质量与安全事故的调查处理；参与新城区域非公司承建的各类项目规划和设计的审查，参与竣工验收；负责新城在建区域的环境卫生、绿化、渣土、市政基础设施、社会治安综合治理的管理；配合计划财务部做好工程的竣工决算审计工作；负责部门归口资料的收集、保管、保密工作；完成领导交办的其他工作。
（五）上海海岛房地产开发有限公司
主要职责：根据总公司的发展战略，负责相关房产项目的开发建设和后期管理工作；完成总公司交付的其它工作。
（六） 上海好锦房屋拆迁有限公司
主要职责：依法受理全县范围内的房屋拆迁委托业务。
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上海成基市政建设发展有限公司
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