松穗卷柏生长于海拔2500-3575米林下潮湿处或岩石上。

松穗卷柏分布于四川(丹巴、康定、马尔康)、云南(宾川、大姚、鹤庆、丽江)。也分布到尼泊尔。

土生，短匍匐，1-4 (-6)厘米，无游走茎。

根托只生于茎的下部，长0.7-2厘米，纤细，直径0.1毫米，根多分叉，光滑。

主茎自近基部开始分枝，通常重复1-2次等二叉分枝，禾秆色，主茎下部直径0.3-0.4毫米，具沟槽，无毛，维管束1条，分枝稀疏，叶状分枝和主茎无毛，背腹压扁，末回分枝连叶宽3.2-4.2毫米。

叶全部交互排列，二形，草质或膜质，表面光滑，边缘不为全缘，不具白边(或边缘微透明)，二形。

分枝上的腋叶对称，椭圆形，1.0-1.8毫米×0.3-0.7毫米，边缘具微齿。中叶多少对称，分枝上的卵圆形，1.2-1.8毫米×0.6-0.8毫米，相互排列不是非常近，背部不呈龙骨状，先端外展或与轴平行，先端渐尖，基部近心形或钝，边缘具睫毛。

侧叶不对称，侧枝上的侧叶卵状三角形，外展，1.8-2.3毫米×0.8-1.2毫米，先端急尖;下侧基部扩大，略覆盖小枝，上侧边缘具短缘毛，基部具睫毛。

孢子叶穗疏松，背腹压扁，单生于小枝末端或分叉，10-20毫米×3.0-5.0毫米;孢子叶二形，正置，和营养叶形状，排列一致;孢子囊只生下侧孢子叶基部，叶不具白边，上侧的孢子叶卵状披针形，边缘具短睫毛，先端渐尖，无孢子叶翼，下侧的孢子叶卵圆形，边缘具短睫毛;大孢子叶分布于孢子叶穗下部的下侧。大孢子橘红色或橘黄色;小孢子橘红色。