1.办公室与财务室：负责局机关日常运转工作；负责公文处理、政务信息、督查督办、档案、新闻宣传、会务、保密、绩效、信访、节能、平安建设、政务公开等工作；承担组织编制全区水利发展规划和年度计划工作；负责区人大、区政协提案和建议的办理工作；承担局印章的管理；指导全区水利行业人才发展规划建设等工作；负责党群、退休干部、机关后勤服务工作；承担机关、所属事业单位的人事管理、机构编制、劳动工资和教育培训工作；指导全区水利人才队伍建设等工作；拟订有关财务、资产管理的制度，负责机关财务管理和所属事业单位财务及国有资产监管，负责部门预决算、政府采购、国库集中支付、预算绩效管理、内部审计工作，管理基本建设及重大专项投资。承担财政和社会资金的结构优化和监测工作，拟订合理利用社会资金的政策措施；负责区级水利部门政府采购管理工作，承担部门集中采购等工作。
2.建管股：指导水利工程建设管理，制定水利建设管理制度并组织实施。组织指导水库、堤防、水闸（新建、除险加固）等的建设管理工作。组织指导水利工程验收工作。组织实施具有控制性的和跨区域跨流域的重要水利工程建设；
归口管理水利工程项目的初步设计审批工作，组织编制全区水库、堤防、水闸等水利建设专业和专项规划；指导水利工程建设质量、进度，承担水利建设质量考核工作。负责水利建设项目法人责任制、建设监理制、招标投标制、合同管理制度执行情况的监督管理；指导全区水利建设市场监督管理。指导全区水利工程招标投标监督管理，指导全区水利建设市场主体市场行为监管和全区水利建设市场信用体系建设，负责权限内市场主体和人员的资质资格审核和认定相关工作；指导水利工程运行管理、保护和综合利用。指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界，组织指导水库大坝、水闸注册登记工作，组织指导水库大坝降等报废和水库运行调度规程编制工作。组织指导水库大坝、水闸工程安全鉴定和堤防工程安全评价工作。组织指导水利工程安全监测工作；指导全区水利工程标准化管理工作，组织水库、堤防、水闸等水利工程标准化管理工作，组织指导运行管理考核工作。指导水利工程管理体制改革工作；指导河湖水域及其岸线的管理、保护，指导河道管理范围划定、河口管理和保护工作；组织实施河道管理范围内建设方案审查制度，指导、监督河道管理范围内建设项目和活动管理有关工作。
3.农水股：指导全区农村水利和农村水电工作，研究提出全区农村水利和农村水电的方针政策、发展规划，组织拟订全区农村水利和农村水电有关规范、标准和规章制度并监督实施；指导灌排工程建设与管理工作，组织实施大中型灌区建设与改造，指导灌溉试验工作；指导农村饮水工程建设与管理工作，组织实施农村饮水安全巩固提升工程；指导节水灌溉有关工作，指导农业水价综合改革工作；指导农村水能资源开发与管理，组织开展水能资源调查工作，组织拟订农村水能资源开发规划；指导小水电改造、水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等工作，组织指导农村水电站安全监管；指导农村水利改革创新，指导农村水利社会化服务体系和基层水利服务体系建设。
4．水旱灾害防御股：组织编制洪水干旱防治规划和防护标准；组织编制重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施；承担台风防御期间重要水工程调度工作，协调指导山洪灾害防御相关工作；组织协调指导水情旱情工情信息报送和预警工作，组织指导水库蓄水和洪旱风险图编制运用工作；指导重要江河湖泊和重要水工程水旱灾害防御调度演练；组织协调指导防御洪水应急抢险的技术支撑工作；组织指导重要流域、区域以及重点调水工程的水资源调度工作，并对实施情况进行监督检查；负责防汛抗旱等水利应急管理和水利反恐日常管理工作。
5.水土保持股：组织协调指导全区水土保持工作，负责全区水土流失综合防治、监督管理和监测评价工作。承办区水土保持委员会的日常工作；组织拟订区级水土保持政策、法规和技术标准并监督实施；组织编制和监督实施区级水土保持规划。承担对乡镇水土保持目标责任制考核工作；负责水土保持监测和信息化应用工作，组织全区水土保持监测网络的建设和管理，组织全区水土流失调查、动态监测、预报并公告；负责权限内生产建设项目水土保持方案的审批及水土保持工作的监督检查及水土保持设施自主验收的核查工作；指导国家水土保持重点工程实施和生态清洁型小流域建设；组织推广水土保持科技成果，指导水土保持技术服务体系建设。
6．水资源股：组织开展水资源评价有关工作，按规定组织开展水资源承担能力预警工作，指导水资源监控能力建设；组织实施流域区域取水总量控制；组织实施取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作，指导水权制度建设；组织编制并实施水资源保护规划，指导河湖水生态保护与修复、河湖生态流量水量管理工作；承担实施最严格水资源管理制度相关工作，负责最严格水资源管理制度考核；组织编制并发布区水资源公报；指导节水宣传教育工作，负责节水统计和信息发布；指导地下水开发利用和地下水资源管理保护，组织指导地下水超采区综合治理。
7.区河（湖）长制办公室：负责全面推行河湖长制工作，承办区河长办公室日常工作；协助市级河湖长开展督导、检查。协调解决市级河湖长交办的工作；对下级河湖长制相关工作进行督察、督办；督促区级责任单位履行河湖长制部门工作职责，调度检查各地河湖长制工作开展情况；督导各相关责任单位、乡镇、街道开展流域突出问题整治。督促、指导下级落实“一河一策”、“一湖一策”方案；组织指导下级河湖长制考核评估工作；协调区生态文明建设水利口有关工作，归口管理推进水生态文明建设工作；指导流域生态综合治理工作。
8．水政监察大队：承办局行政应诉、行政复议等工作；负责全区河道采砂的管理和监督检查工作；负责全区水政监察和水行政执法，协调、仲裁部门和跨乡镇的水事纠纷，负责水政监察和水行政执法，查处重大水违法事件；组织水利法律、法规、规章实施情况的监督检查，参与有关部门牵头的相关法律、法规的执法检查。
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