（一）办公室
协助局领导对各科室工作进行综合协调，并负责重要事项的督办落实；组织局机关日常工作；承办文秘、档案、政务信息、机要保密、安全保卫、重大会议组织、新闻宣传、社会治安综合治理、信访、议案提案工作；负责局机关后勤行政管理工作；负责机关内部规章制度建设。
（二）水政水资源科
承办全县水利法制建设规划；研究提出水利方面的方针政策，拟定有关规章制度和改革方案；实施指导水政监察和水行政执法工作；承办县、镇（区）和部门间的水事纠纷协调工作；承办水利局行政诉讼、行政复议和普法教育工作。
承办水资源的统一规划管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；拟定全县水量分配方案并组织实施；组织全县水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河湖库的水量水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织建设项目的水资源论证及其环境影响评价；指导全县计划用水、节约用水和城市供水的水源规划；组织全县水资源调查评价。
（三）农村水利科（工程质量监督站）
对全县水工程建设进行行业管理，严格执行项目法人责任制，招标投标制，建设监理制，合同管理制；规范指导全县水利行业的质量管理，水利工程建设的监理和合同管理工作；组织水利工程的验收，组织和协调重点水利工程的建设，组织研究解决全县水利工程建设和管理中的重大疑难技术问题；负责本行业勘察、设计、施工、监理、咨询、招标代理机构资格的审查和申报工作。
主管全县水土保持工作，协调水土保持流失综合治理；拟定水土保持工程措施规划并组织实施，组织全县水土保持重点治理区的工作，组织水土保持流失的监测；对水土保持有关法律法规的执行情况实施监督。
主管全县农村水利工作，研究提出全县农村水利的方针政策，发展规划，拟定有关规范标准和规章制度；拟定全县农村水利建设、湖区、灌排区和机电排灌站建设计划；指导全县农田水利基本建设和农村水利社会化服务体系建设；组织拟定大中型灌区规划；组织制定县内主要湖泊防洪排涝调度方案并配合有关部门组织调度工作；指导乡镇供水、农村饮水和农村节约用水工作；指导全县农田水利工程管理制度的改革，指导全县农村小水电建设和管理工作，负责全县水利综合统计工作。
（四）水库科
负责全县水库行业管理，制订管理规程规章并监督实施，负责监督检查全县小型水库专职管理员日常工作；拟定病险水库工程加固、续建配套规划和计划；配合有关部门组织水库防汛抗旱调度工作，组织制订中型水库防洪与兴利调度运用方案及审批汛期控制运用计划；组织指导全县水库注册登记、蓄水鉴定、大坝安全鉴定工作；指导水库大坝的安全监测和维修养护工作；协调管理水库供水。
（五）堤防科
负责全县河道堤防行业管理，制订管理规程规章，保护河道水工程；拟定全县河道和堤防的建设管理规划和计划；负责国家、省安排我县的江河堤防建设项目的实施；配合有关部门组织全县江河防汛工作和组织制订县内主要河流洪水调度方案；负责分洪闸及流域性排水闸的调度、维修和管理；指导管理沿堤涵闸；负责组织河道管理范围内兴建各类建设项目的防洪安全审查及监督实施。
（六）计划财务科
拟定全县水利发展战略、中长期发展规划；组织编制水利中长期供求计划和全县水利建设年度计划；承办重大水利项目建议书、可行性报告、工程建设投资的编制审查工作；组织编制流域综合规划和专项规划，协调流域开发工作；组织编制水利综合经营生产发展规划和年度计划，拟定全县水利行业的经济调节措施，对水利资金的使用进行宏观调节；规范指导全县水利系统国有资产的监督管理和全县水利行业的计划、财务、会计工作，研究提出有关水利价格、税收、规费等调节意见。负责局属单位的财务管理，负责水利综合经营的立项预算，组织筹措综合经营发展基金，制订加强综合经营管理各项规程规章，督促检查完成综合经营生产计划和各项经济指标，归口管理综合经营中的安全生产，统计工作。
（七）监察审计科
负责局机关及直属企事业单位纪检、监察及审计工作，负责计划生育工作。
（八）政工科
负责局机关、直属单位的党群工作和思想政治工作以及机关的精神文明建设。承办局机关并指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资工作；按照有关规定负责专业技术职务评聘工作；管理本行业劳动保护、保险、技工技师考核工作；负责劳动工资统计报表工作；会同有关科室做好水利行业科技和教育规划的编制和实施，并组织本行业科技推广应用工作；归口管理职工教育培训及行业技术监督管理工作。
设置离退休人员管理科
负责组织全局离退休人员开展有益于健康的活动；维护离退休人员的合法权益，落实离退休人员的政治和生活待遇；做好离退休人员来访接待和服务工作。负责关心下一代工作。
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