负责从源头上预防、控制环境污染和生态破坏。拟订环境影响评价政策、法律、行政法规、部门规章并组织实施。拟定环境影响评价分类管理名录和分级审批规定。负责对重大发展规划以及重大经济开发计划和重要产业、重点区域进行环境影响评价。按国家规定审查重大开发建设区域规划、行业规划环境影响评价。负责审批涉核与辐射以外建设项目的环境影响评价文件。负责审批海岸工程建设项目环境影响评价文件，并负责海洋工程建设项目环境影响评价文件备案。负责国家审批的建设项目竣工环境保护验收。负责环境影响评价机构资质管理。汇总提出区域限批、流域限批和行业限批建议并组织实施。负责环境影响后评价工作。开展建设项目施工期的环境监理工作 。

根据上述职责，设6个内设机构。

1、综合处

承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；拟订建设项目环境影响评价资质管理政策、法规，并组织实施；承担建设项目环境影响评价机构资质管理工作；承担涉核与辐射项目以外属于行政许可的环境影响评价文件的受理和审批督办工作。

2、规划环境影响评价处（简称规划环评处）

拟订规划环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施；组织和指导规划环境影响评价工作；组织对国家重大发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；按国家规定审查重大开发建设区域规划、行业规划的环境影响评价文件；指导和协调地方开发区规划环境影响评价的审查工作。

3、建设项目环境影响评价一处（简称项目环评一处）

拟订火电、电网、冶金、有色、机械等建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作。拟订并组织实施建设项目环境影响评价分级审批规定。组织和指导东北、华北地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。

4、建设项目环境影响评价二处（简称项目环评二处）

拟订化工、石化、轻工、医药等建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作，承担海洋工程建设项目环境影响评价文件备案。拟订建设项目环境影响评价分类管理名录。组织和指导华东、华南地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。

5、建设项目环境影响评价三处（简称项目环评三处）

拟订交通、煤炭、石油、天然气、水电等资源开发类建设项目环境影响评价政策、法规、规章、规范和技术导则并组织实施，组织相关行业建设项目环境影响评价审核工作。组织和指导西南、西北地区设区的市级以上专项规划的环境影响评价工作。

6、建设项目环境保护验收管理处（简称验收处）

拟订建设项目竣工环境保护验收政策、法规、规章并组织实施；组织和协调国家审批的建设项目竣工环境保护验收，并指导地方相关工作；组织实施环境影响后评价和建设项目施工期环境监理工作。

2015年2月，中央有关部门批复同意环境保护部机构编制作部分调整，不再保留污染防治司、污染物排放总量控制司。

2016年1月11日召开的2016年全国环境保护工作会议上，环保部部长陈吉宁就称：“我部机关内设机构调整和环境监察体制改革方案得到中央编办批复。正在研究起草部机关‘三定’修订草案和环境监察体制设置。

2016年3月2日，正式撤销中华人民共和国环境保护部污染防治司，原污染防治司副司长李蕾任水污染防治司司长。

从环保部现有的职能划分看，污染防治司、污染物排放总量控制司的职能有重叠之处。例如污染防治司有饮用水水源地环境保护处、重点流域水污染防治处、海洋污染防治处、大气与噪声污染防治处，而总量司又有水污染物总量控制处和大气污染物总量控制处。同时，土壤防治自然生态保护司又兼有土壤防治的职能。

按照环境要素管理也是国际环保部门的趋势和地方实践的经验，例如美国国家环保局就设立有空气和辐射办公室(Office of Air and Radiation)、水办公室(Office of Water)，随着各地治霾力度加大，不少地方环保局都在污防科的基础上单独成立“大气办”。

根据上述职责，设7个内设机构。

综合处

承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织企业上市和上市企业再融资的环境保护核查、清洁生产强制审核工作；参与拟订国家限制和淘汰的生产能力、工艺和产品名录及有关国家产业政策；承担城市环境综合整治工作。

饮用水水源地环境保护处

（简称饮用水处）

拟订水环境管理及饮用水水源地环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范及水环境功能区划并监督实施；组织拟订饮用水、地下水、太湖、巢湖、滇池水污染防治规划并监督实施；承担饮用水水源地环境保护与湖泊污染防治工作；组织开展全国水环境形势综合分析；承担水污染防治其他综合性工作。

大气与噪声污染防治处

（简称大气处）

拟订大气、噪声、光、恶臭、机动车污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范，并监督实施；拟订城市大气、噪声环境功能区划工作；承担大气、光、恶臭、噪声、机动车污染防治和相关环境功能区划等工作；组织开展全国大气环境形势综合分析。

重点流域水污染防治处

（简称流域处）

组织拟订淮河、海河、辽河、松花江、长江（含三峡库区及其上游）、黄河中上游、珠江、南水北调工程沿线和跨国界河流的水污染防治规划，并监督实施；建立跨省（国）界河流水质考核评估制度，并组织实施；审查重点城市的水污染防治规划，并指导实施；指导全国河流水污染防治工作。

海洋污染防治处

（简称海洋处）

指导、协调和监督海洋环境保护工作；拟订国家海洋环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准和规范；拟订国家重点海域污染防治规划并监督实施；编制近岸海域环境功能区划；监督海岸工程和滨海重污染行业海洋污染防治；组织开展全国海洋环境形势综合分析。

固体废物管理处

（简称固体处）

拟订固体废物、危险废物、进口废物管理及城区土地污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织拟订危险废物管理制度并监督实施；组织开展危险废物申报登记；承担固体废物进口许可、出口核准、信息公开工作，监督电子废物、污泥等再生资源回收利用污染防治。

化学品环境管理处

（简称化学品处）

拟订化学品环境管理的规划、政策、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织化学品环境风险评价追踪；筛选和公布重点控制的化学品目录；承担化学品进出口、新化学物质登记；组织日遗化武处理全过程环境监督管理。