1、年代建设久远，自然毁损程度高
我国的农田水利工程大都建在上世纪的六七十年代，虽然水利工程的功能勉强还可以使用，但是其效率已经降低，难以很好的发挥使用功能。其主要表现在：
（1）水库带病运行多。我国许多水库均是久留下来的主要用于农田灌溉的工具，由于其年代已久远，坝堤不能很好的起到抗洪的功能，造成农民田遭受洪灾。
（2）灌溉设施损毁，渠道淤塞严重。多年的长期积累且未进行有效的清理，造成淤塞物积多。
（3）机埠失修，自然折旧快。修建时，对小型的提水机泵的使用没有进行管理及缺乏规划工程的细节工作，有的一建成就由于达不到预想的目的而被搁置，而且以后也没有对其进行处理，造成水管及电机锈蚀，进水及出水道堵塞严重。
2、农田水利工程建设的管理体制不健全
各地的农田水利工程建设管理体制，普遍缺乏对工程过程的系统性规范，不健全的管理体制直接造成优秀的工程建设规划在实施的过程中很难达到预期效果，难以形成有利于农田灌溉的水利体系。尽管国家大力扶持农村水利建设与管理，在规划布局、项目安排与资金补助上给予很大倾斜，但我国许多农村地处欠发达地区，难有较多资金用在农村水利重点工程的建设，许多工程因此而停滞。其原因主要是资金管理体制不够配套，没有研究出适合不发达地区的水利建设制度，可开发资金未用在实处。
3、不重视人才的管理
农田的水利工程建造的区域由于多为偏远的乡下，环境较为恶劣。员工的生活条件很差，若不对其进行适当的改善待遇，会导致人才流失，原本具备专业知识的人才就不多，一旦失去大多数专业的人才，就会对工程质量的好坏产生直接影响。
4、水利维修资金短缺
基层水管单位失去了水利建设资金投入的能力，造成工程的运行费用的筹办基本难以进行。所以，资金成了制约水利设施建设与管理的瓶颈，寻找新的小型农田水利设施建设模式就成了当务之急。由于底层维修的组织人员要想对水利工程进行维修工作，资金拨款需要一级一级的申请，工序较麻烦且申请成功率较低。
