炭疽病是中山杉较为常见的病害之一，对于此类病害问题，应采取周期性的防治措施，可选用的药剂包括百菌清、炭疽福美、代森锰锌等。同时，如果在盐碱土上栽植中山杉，可能会出现黄化病，当该病出现时，可以使用1:80的硫酸亚铁溶液浇灌，在浇灌的过程中，如果溶液洒落到枝叶上，必须及时用清水冲洗干净，以免药液对枝叶造成损害。
对于虫害则可针对不同的虫害采取相应的药剂进行防治，如地老虎可在整地时用5%辛硫磷颗粒对土壤进行处理，或是向洞穴内灌注90%敌百虫800-1000倍液；蚜虫及蛾类幼虫，可以早晚喷施90%敌百虫1500倍液。
