根据工程实施坚持突出重点的原则，在工程范围内也应确定重点实施地区。确定的工程重点是国有林区，即指分布于东北、西北和西南的黑龙江省、吉林省、内蒙古自治区、陕西省、甘肃省、新疆维吾尔自治区、青海省、四川省、重庆市和云南省等10个省（自治区、直辖市）归国家所有的成片天然林林区。
国有林区经营面积约4133万平方百米，占全国林业用地的15.5%；活立木蓄积27.1亿立方米，占全国活立木蓄积量的25.8%。在人烟稀少的原始林区，森工企业在开发建设生存性设施和进行木材生产的同时，也进行了生活性和社会性设施的建设。现已形成有500万人口，包括公检法、文化教育、医疗卫生、邮政电讯、道路、商粮供销等社会管理和服务体系及基础设施齐全的林区社会。
国有林区无论在历史上，还是在今天乃至将来，都为国家的经济建设和人民生活发挥着其他林区、其他行业难以取代的作用。
1. 国有林区是我国最大的森林后备资源培育基地和木材及林副产品供应基地，根据全国第4次（1989—1993年）森林资源连续清查资料统计，我国森林资源的分布仍然以东北、西南国有林区为主体。活立木蓄积量中，黑龙江省、吉林省、内蒙古自治区、四川省和云南省5省、自治区占全国的58.7%（其中国有80.5%，含地方国有部分，但不包括国有林区的集体部分）；森林蓄积量中，5省、自治区占59.6%（其中国有82.7%）；天然林面积和蓄积中5省、 自治区分别占55.6%和62.4%。国有林区在历史上承担了全国木材供应任务的50%以上， 已累计为国家提供木材10多亿m3，并为社会提供了多种多样的林副产品。森林资源开发利用和培育为社会每年提供了大约100万个就业机会。
2. 国有林区是国家生态环境建设的重点
国有林区的天然林资源集中分布于我国大江大河的源头、大型水库周围和重要山脉核心地带，在蓄水保土、稳定河床、调节流量、保护水源、保土防蚀、减少江河泥沙淤积等方面发挥着重要作用。
3. 国有林区是生物多样性保护最大的栖息地丰富多彩的森林生态系统孕育了区系复杂的动植物资源，并为野生动植物栖息提供了得天独厚的生存环境，为生物多样性保护提供了良好的生态环境。
4.繁荣少数民族地区和边陲地区的经济发展
国有林区多处边陲，有众多的民族聚居，这些地区较为荒僻，发展极为缓慢。林区的开发建设，使林区社会逐步繁荣，经济逐步发展，并带动相关事业的发展，确立了国有林区在国民经济和社会发展中基础产业的地位。
1.森林资源结构性危机加剧，可采资源减少国有林区经过几十年的开发和培育，森林资源总量没有发生大的变化，但森林资源的结构和功能却发生了很大变化，一是天然林成过熟林面积和蓄积锐减。二是林地生产力下降，单位面积蓄积由建国初期的每公顷143立方米下降到102立方米。三是森林功能下降，即森林自我调节能力和建设、改善生态环境，防御自然灾害的能力下降。
2.林区人口增加过快，对资源压力过大
随着林区的开发，人口增长过快，国有林区人口已由开发初期的不足100万人，发展到现在的500多万人口。同时，单一的消耗木材经济结构，造成对森林资源的过大压力。林区劳动力过剩的问题日益严重，致使社会不稳定因素增多。
3.历史欠帐过多，企业社会负担重
50年代是林区大规模开发建设阶段，实行先生产后生活，边建设边生产的方针，使林区未形成综合生产能力就中断了国家投资，造成生产、生活投资大量欠帐。大量的生产、生活设施欠帐，致使木材生产任务过于集中，积累不足，无法维持企业持续经营。
4.经济改革滞后，经济危机逐年加剧
国有林区独木支撑经济的局面长期以来没有根本改变，企业亏损日趋严重，林产工业的经营管理不善，使其不仅不能为经济危困“解忧”，而且还要“增忧”，加之福利开支不断增加，使企业包袱越背越重，企业的发展步履艰难。
5.管理体制上的政企不分，造成企业社会负担过重
国有林区的单位，既是企业，又是政府，使企业社会负担沉重。随着人口的增多，社会的发展，负担越来越重，严重地制约了企业的发展。
国有林区虽然面临着很多困难和问题，有些问题还很严重时也存在着一些有利条件，面临着非常好的发展机遇。
1.党和国家的高度重视
但同自国有林区“两危”出现以来，党和国家极为关注，国家领导人多次到林区视察，国务院多次召开专门会议解决林区困难，相应出台了一系列优惠扶持政策。1998年特大洪灾以来， 自上而下，引起了全社会的关注，党的十五届三中全会又明确提出了加强天然林保护工作。天然林保护工程的启动，为国有林区提供了难得的发展机遇。
2.观念逐步转变
近年来，林区干部群众在反思中已清醒地认识到“两危”产生的原因及危害，观念逐步开始转变。因此，对天然林保护工程更是重视，各地都在积极准备，想方设法调整和优化产业结构，争取以实施好工程来促进林区的全面发展。这些是实施天然林保护工程的内在动力。
3.资源优势显著
国有林区地域辽阔， 自然资源丰富，除林木资源外，还有动物、植物及菌种资源，以及独具特色的矿产资源、水力资源和景观资源等。这些资源在种类、品位和开发条件等方面都很优越，开发前景广阔，为林区的全面发展提供了充分的物质基础。
4.市场需求旺盛
随着社会的发展，整个社会对林产品的需求总量、需求结构都在发生可喜的变化，新的需求不断产生。这些为我们利用林区资源优势，从资源经济转向产业经济提供了广阔的前景。
5.发展基础较好
40多年的建设，使国有林区形成了林区管理和社会服务体系齐全的林区社会，拥有相当规模的固定资产、人力资源和较完备的生产社会基础设施等，这些为林区的发展提供了坚实的基础保障。
综上所述，国有林区在我国国民经济和生态环境建设中均占有非常重要的位置，虽然存在着很多问题，但是也应看到有利的条件，国家已给予一定的政策扶持和资金投入，国有林区重新振兴大有希望。因此，长江、黄河中上游地区、东北、内蒙古国有林区及新疆维吾尔自治区的135个森工企业和海南省4个营林局、内蒙古自治区南部8个林业局、甘肃省小陇山林管局、陕西省宝鸡2个林业局以及新疆维吾尔自治区天山中东部12个林场等重点国有森工企业确定为天然林保护工程实施的重点地区 。
