青海省发改委副主任、省三江源办公室主任李晓南介绍，二期工程是一期工程的延伸、拓展和提升，规划共分为生态保护和建设、支撑配套两大类24项工程，估算总投资近160.6亿元，其中中央预算内投资80.83亿元，财政资金79.74亿元。
李晓南说，二期工程规划期限为2013年至2020年，共计8年，提出了组织保障、体制机制保障、政策保障、人才和教育保障、监督保障和对口支援六方面的保障措施。目标是到2020年，林草植被得到有效保护，森林覆盖率由4.8%提高到5.5%；草地植被覆盖度平均提高25至30个百分点；土地沙化趋势有效遏制，可治理沙化土地治理率达50%，沙化土地治理区内植被覆盖率达30%至50%。
此外，治理目标还包括：三江源地区的水土保持能力、水源涵养能力和江河径流量稳定性增强；湿地生态系统状况和野生动植物栖息地环境明显改善；农牧民生产生活水平稳步提高，生态补偿机制进一步完善，生态系统步入良性循环。
