一、办公室

协助局领导处理机关日常工作，对各股（室）的工作进行综合协调；负责重大会议的组织、政务信息、纪检监察、职称评定、文秘、科教、信访、保密、保卫、宣传、妇女、计划生育等行政事务工作；承担机关和指导基层直属单位的人事、劳资、离退休干部管理等工作；负责本系统的党务工作和安全生产的管理。

二、计划财务股

组织对水利水电基建工程项目的竣工验收；负责综合统计、行业财务管理、审计监督和资产管理工作；负责监督水资源费、水费、堤防保护费的使用工作；指导水利综合经营工作的开展。

三、水政股

负责执行水利的政策、法规和政策性文件的起草工作；负责水行政复议和水利执法监督工作；负责水资源的统一管理和保护工作；实施取水许可证制度和协调处理水事纠纷；担负水土保持工作的实施。负责水资源费和水土保持补偿费等的征收工作。

四、农田水利股

负责农田水利基本建设、乡村供水、人畜饮水、农村节约用水和科学用水工作；负责农田水利工程的配套计划和江海围堤的整治规划编报、组织实施工作；承担指导基层水利技术队伍建设工作。

五、规划建设股

负责拟订水利发展计划、流域综合规划；负责组织、协调大中型水利水电工程建设，对大中型水利工程可行性研究报告、立项申报的审核；组织水利建设项目的报建、开工审批及工程后评价；监督指导工程招投标、建设监理和工程质量；具体负责大中型水利工程项目的勘测、设计工作。

六、工程管理股

负责大中型水库、水闸等水利工程的管理和保护工作，对水利工程防洪安全进行行业管理和对水库大坝安全实施监督管理；负责农田水费的征收和管理工作；具体指导基层单位综合经营工作；承担水库新、老移民的安置工作。

七、机电股

负责小水电工程的发展规划和开发利用；负责小水电站、机电排灌、电网等设备更新、改造、扩建等项目的审查、管理；对小水电站、机电排灌站进行归口统一管理。

八、市人民政府防汛、防旱、防风指挥部办公室（简称三防办）挂靠水利局，主要负责指挥部的日常工作。负责组织、协调、监督、指导全市防洪、防汛、抗旱的工作。