力学与工程科学系当前设有3个国家一级学科：力学，航空宇航科学与技术、生物医学工程，涵盖6个二级学科：一般力学、固体力学、流体力学、工程力学、生物力学、飞行器设计与工程；设有4个教研室：固体力学教研室、一般力学与工程力学教研室、流体力学教研室、飞行器设计与工程教研室；建设有2个综合实验室：力学综合实验室和飞行器设计与工程实验室，下设：动力学与控制实验室、材料性能力学实验室、流体力学实验室、设计与制造实验室、设计创新实验室、振动与强度实验室、风洞实验室、计算机教学实验室；成立3个研究所：复旦大学生物力学研究所、复旦大学力学与工程仿真研究所及复旦大学飞行器设计研究所。现有正教授兼博导9名，副教授、高级工程师、高级实验师和工程师、讲师等19名。5位院士任该系兼职教授。

该系设有两个本科专业：《理论与应用力学》和《飞行器设计与工程》，招收四年制本科大学生，其中《理论与应用力学》毕业时授于理学学士，《飞行器设计与工程》毕业时授于工学学士。“理论与应用力学”专业从2000年开始，对优秀学生实施3 3培养方案，即本科生完成3年课程学习后直接进入3年硕士研究生学习，毕业时获硕士学位。今两年，根据上海市教委“开通立交桥”的相关政策，我系还招收上海市兄弟院校理科相近专业的二年级插班生。对本科生的培养强调基础能力训练，强调通才教育。具体地讲：我系对学生强调理论分析、实验研究和计算机应用三方面能力训练；强调打好扎实的力学与数学基础；强调科学素质和解决工程实际问题能力地培养。毕业生理论基础扎实，知识面宽，具有在力学、数学、工程科学、计算机软件开发应用能力和外语等方面的综合优势，就业适应面宽，能为较多行业接受；可塑性强，能为国内外较多著名大学和科研院所接受读研。

该系设有五个研究生学位授予点，分别是：《流体力学》(博士学位授予点)、《一般力学与力学基础》（硕士学位授予点，下同)、《固体力学》、、《工程力学》和《飞行器设计与工程》。招收以上五个学科和《生物医学工程》硕士、博士研究生。培养德智体全面发展的力学或《飞行器设计与工程》高层次专门人才。在专业培养上，硕士研究生应在本科通才教育的基础上深化一级学科内容，使硕士业生能对力学这门一级学科有比较全面的了解，对今后研究工作或工程设计中遇到的常规力学问题能够作出比较准确的分析和处理。在一级学科的教学基础上，系统地学习二级学科（包括《飞行器设计与工程》）专业知识，初步掌握力学二级学科或《飞行器设计与工程》研究的基本方法。学生能够比较熟练地研究和解决相关的力学问题。博士生在硕士研究生的基础上，提出更高的要求，应具有独立开展研究工作的能力。博士、硕士毕业生毕业后能够在高等院校从事力学类课程的教学工作，在研究部门从事力学研究工作，在工程部门从事工程分析、设计工作(经适当培训)。亦可在其它高新技术部门从事算机软件开发、工程管理等的工作。学习期限为三年。

该系设有力学博士后流动站，接收力学学科或相近专业的博士毕业生进站工作，培养国家急需的高层次人才。

该系还下设的“复旦大学力学与工程系培训部”协助复旦大学成人教学学院开办“工程管理”三年制大专班和“工程管理“专升本班。招收“办公自动化”、“计算机信息管理”自学考试辅导班。