(一)办公室(人事科)。负责局机关政务综合协调和监督检查。协助局领导组织协调局机关日常工作，组织拟订局机关工作制度并监督执行，负责局机关文电、档案、印章、机要、督查、政务信息、电子政务、后勤管理、公务接待、安全保卫、综合治理、计划生育、精神文明等工作，负责各科室目标考评和全市环保目标、环保系统目标的协调考评，负责机关及直属单位组织、人事、机构编制和离退休干部的管理工作，负责财务、政府采购、内部审计等管理工作，组织开展全市环境保护系统岗位培训和继续教育工作。
(二)政策法规科(宣传教育科)。组织开展环境保护政策调查研究，组织拟订以市政府名义发布的环境保护政策；组织对涉及环境保护的文件草案提出意见；组织开展环境保护执法检查；指导和监督环境保护依法行政；负责环境保护行政处罚；负责组织实施区域限批、行业限批、挂牌督办及环境违法企业列入“黑名单”工作；指导、协调全市环境保护法制建设；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；组织环境保护行政复议、应诉及行政赔偿工作；参与重大环境违法案件的调查与处理；组织环境保护普法工作；负责处理信访和办理公众举报工作。贯彻落实环境保护宣传教育的有关法律、法规、政策，协调环境保护宣传教育有关工作。
(三)污染物排放总量控制科(规划科技科)。拟订全市主要污染物排放总量控制和排污许可证制度并组织实施；提出总量控制计划；考核全市总量减排情况；组织开展排污权交易工作；承担全市环境统计和污染源普查工作；组织编制全市综合性环境功能区划；审核环境保护专项规划；参与制定全市经济和社会发展中长期规划和重大经济开发计划；组织编制和发布全市环境质量状况公报；负责环境保护基本建设投资、环境综合整治资金和业务活动补助经费管理及财务检查、审计工作；指导和推动循环经济、环保产业发展；组织清洁生产审核工作；负责全市环境保护系统国际交流合作和对外经济合作工作；组织开展环境保护科技工作。
(四)环境影响评价科。承担全市规划环境影响评价的组织、协调和管理工作；负责审批工业、社会服务、交通运输、城市基础设施及房地产等类别建设项目的环境影响评价文件；组织所管理建设项目的试生产核查和竣工环保验收；负责环境影响评价机构的日常考核及管理。
(五)污染防治科。负责组织拟订全市水体、大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车等污染防治管理制度并组织实施；组织拟订全市水、大气、噪声等专项环境功能区划；组织划定全市饮用水水源地环境保护区；组织制定全市饮用水水源地、重点流域、地下水污染防治规划并监督实施；组织开展重点流域、区域、行业环境综合整治；按照环境质量目标和环境功能区目标要求，对超标排污或超总量排污企业实施限期治理或深度治理；组织实施危险废物经营许可、危险废物跨行政区转移许可、可用作原料的固体废物进口许可审查或预审工作；负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；配合省环境保护厅做好化学品管理工作；负责工业污染防治资金的组织和审定；组织和指导城市环境综合整治定量考核；负责机动车污染防治，组织开展在用机动车污染物排放状况监督抽测，负责对机动车尾气检测机构进行资质委托并实施监督管理，组织实施油品监督管理制度；参与拟订全市重点行业产业政策及限制和淘汰的生产能力、工艺和产品名录；监督管理城区土地污染防治工作；组织实施环境保护设施运营资质认可工作；组织管理环境与人体健康有关工作。
(六)自然生态保护科(农村环境保护科)。拟订全市自然生态保护规划并监督实施；拟订自然保护区和生态功能保护区建设与管理的政策、规划并监督执行；提出新建和调整自然保护区、生态功能保护区审批建议；指导、协调、监督全市自然保护区、风景名胜区、森林公园的环境保护工作；负责审批全市自然资源(包括农业、林业、水利、矿山、水上运输、管道运输和旅游)开发利用项目的环境影响评价文件；负责所管理建设项目的试生产核查和竣工环保验收；组织开展生物多样性保护；组织开展全市生态状况评估；协调和监督矿区复垦、生态破坏恢复整治、湿地环境保护、荒漠化防治等工作；指导全市生态建设示范区的创建工作。组织拟订农村生态环境保护和农村土壤(包括耕地、山地、林地、湿地、矿区等)污染防治的政策、规划、规范及土壤环境功能区划，并监督实施；组织指导农村环境综合整治工作；监督、指导农村土壤污染修复、畜禽和水产养殖污染防治工作；监督、协调有机食品发展工作；指导全市生态农业建设。
(七)辐射环境管理科。负责全市核与辐射环境保护的政策、法规和标准的监督执行；对全市核设施安全和电磁辐射、核技术应用、射线装置铀(钍)矿、伴生放射性矿产资源的开发、生产、销售、储存、使用及放射性试验中的污染防治工作实行统一监督管理；负责全市核技术应用、伴生放射性矿产资源开发利用、电磁辐射等新、改、扩建项目环境影响评价、“三同时”制度和项目竣工验收及监督检查工作；负责全市放射源及射线装置的生产、销售、使用单位的辐射安全许可证核发工作；负责全市核与辐射事故、核与辐射恐怖袭击事件、辐射污染事故的应急现场组织协调工作；组织指导全市辐射环境监管能力建设；负责全市辐射环境监督管理人员的业务培训、考核及管理工作；负责市内辐射环评机构的日常考核及管理工作。
