甘肃省公路管理局机关内设13个职能处室（副处级建制）和纪委（监察室）、工会、团委等工作部门。局领导班子职数9名，其中党委书记、局长各1名（均为副厅级）；党委副书记兼纪委书记1名、副局长4名、工会主席1名、总工程师1名（均为正处级）。局下辖后勤服务中心、离退休职工管理中心、甘肃公路检测中心等三个副处级直属单位。
甘肃省公路管理局对全省14个公路总段（分局）实行行业监督与管理。全省14个公路总段（分局）共设12个高等级公路养护管理中心和77个公路管理段、21个高等级公路养护工区和228个公路养管站，具体承担高速公路和普通干线公路的养护工作。
