生态功能区划着重于区分生态系统或区域为人类社会的服务功能以满足人类需求的有效性为区划标志。生态功能区划遵循以下原则 ：

生态功能区划可持续发展原则

生态功能区划应考虑城镇远期发展与生态潜在功能的开发，统筹兼顾、综合部署，增强社会经济发展的生态环境支撑力，促进地区可持续发展。地方经济的发展是实现生态保护目标的根本保证，为此，功能分区应充分体现地方社会经济发展的需求，考虑到小城镇的长远规划及潜在功能的开发，同时注意它的环境承载力，尽量提高生态环境功能级别，使其环境质量不断得到改善。在区划中，要给城镇发展、经济建设留有足够的土地和空间，并保证充分利用交通条件、物质条件等。另外，在区划中应合理利用资源和环境容量，避免由于工业布局不合理使污染源分布不均，致使有限的环境容量一方面在某地区处于超负荷状态；另一方面在其他地区又得不到合理利用而造成环境危害。

生态功能区划以人为本、与自然和谐的原则

生态功能区划应把人居环境和自然生态保护放在首要位置，坚持以人为本、与自然和谐的原则。在生态功能区划中既要避免各类经济活动对居民造成的不良影响，以及工业、生活污染对居民身体健康的威胁。同时也要保证工业区、商业区与居住区的适当联系以及居民娱乐、休闲等生活需求。

生态功能区划突出主导功能与兼顾其他功能结合的原则

自然资源的多样性和自然环境的复杂性，使不同区域具有不同功能，甚至同一区域具有几种不同的生态服务功能，为此，生态功能的区划应遵循突出主导功能与兼顾其他功能相结合的原则。根据景观生态学异质共生原理，异质是共生的必要条件，异质性是生态系统进化的基础和发展的动力，反映在生态功能上，就是要多种功能并存。在大的生态功能区内，其主体功能应陔是明确的，各个生态小区的生态功能，应该服从于主体功能，但不是盲目求同。

生态功能区划功能合理组合与功能类型划分相结合的原则

在将功能合理地段组合成为完整区域的同时，结合考虑生态服务功能类型，既照顾不同地段的差异性，又兼顾各地段间的连接性和相对一致性。

生态功能区划生态功能相似性和环境容量的原则

生态功能区划应考虑生态功能相似性原则，同时也应考虑环境容量的原则，避免因盲目的资源开发而造成生态环境的破坏。

生态功能区划坚持科学性与灵活性相结合的原则

在生态功能区划中，必须以科学的态度严格按照区划方法来进行，并且对不同性质的区划问题采用相应的解决方法和手段。这样才能为生态功能分区及其环境目标的确定等后序工作提供可靠的依据，从而更好地开展经济和环境保护工作。

生态功能区划一致性的原则

各分区在基本满足生态环境特点、功能及开发利用方式上具有相对一致性的条件下，保持相对的集中和空间连片，既有利于分区整体功能的挥发，也便于城镇体系进一步宏观建设和产业布局的规划、调整与管理。另外，还要考虑到行政区域对环境区划的影响．尽量减少与行政区域的冲突或出入，这样有利于区内经济发展方向、产业合理布局、环境管理和环境保护对策实施等方面的统筹规划和统一领导。

生态功能区划区划指标选择应强调可操作性的原则

区划的指标应具有简明、准确、通俗的特性，应在同类型地区中寻求具有可比意义并具有普遍代表性的指标。同时应尽量采用国家统计部门规定的数据，以利于今后加强信息交流和扩大应用领域。

生态功能区划生态功能的相似性和生态环境的差异性原则

景观区域的划分必须反映出不同区域生态功能的差异性并保证各分区单元的生态环境条件的一致性，从而有助于针对具体情况因地制宜地开展环境管理工作：同时，生态功能区划应该考虑土地利用的现状。

生态功能区划应用于管理、便于管理的原则

生态区域的划分和生态环境保护的规划，归根结底是为生态保护与环境管理服务的，所以在确定生态功能区划时，除了要考虑生态系统的特点外，同时要考虑与现行的行政区划、社会经济属性相关联。确定功能区划边界时要尽量与行政区划界线接轨，以便于环境保护和管理。

生态功能区划遵循区划的一般原则

区划单位是一个有机整体，有明显特点和明确边界，具有不重复性。不同层次的区划单元相互构成统一的环境系统 。