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离子交换色谱的固定相有阳离子交换剂和阴离子交换剂两种。阳离子交换剂带有负电荷，用于阳离子的分离；阴离子交换剂带有正电荷，用于阴离子分离。阳离子交换剂最常用的官能团有磺酸盐型，阴离子交换剂最常用的官能团是季胺型。
除强离子交换剂外，还有弱离子交换剂，它们的交换官能团具有弱酸性或弱碱性。羧酸(一C00H)交换剂是一种弱阳离子交换剂，只能在pH足够高到使羧酸解离时才能起交换作用。叔胺(一NR3)基交换剂是弱阴离子交换剂，只有在酸性介质中才有交换作用。
