1、填充床色谱

填充床色谱是最常用的方法。将离子交换剂填充在一个柱子中，颗粒之间只有很小的间隙体积。为了使填充床模式有效工作，样品必须没有颗粒，因为样占占中的颗粒物质会阻塞介质颗粒间的小通道，所以样品必须在上离子交换柱前进行澄清处理．这样可避免堵塞柱子、降低流速。用大颗粒的介质在某种程度上可以减少这种问题。

2、扩张床色谱

扩张床色谱是利用吸附剂的粒径和密度分布，其顶部装有高度调节器．流动相从床底流体分布器输入，床内吸附剂产生膨胀，相互间的空隙增大，床层压降低，可以允许料液中细胞、细胞碎片等固体颗粒通过。扩张床是一种单步操作过程。在这个过程中，目的产物可以不通过分离澄清、浓缩和初步分离而直接从含微颗粒的粗品原理中纯化。

3、顶替色谱

在顶替色谱中，使用了终端置换剂。即结合在柱上的各种蛋白质被一种亲和能力比样品中任何蛋白质都要强的分子洗脱。这样，最后被替代的分子推动着前面所有样品的成分。从某种意义上说，被替代的蛋白质也相互替代．按照亲和性递增顺序重排。