根据上述职责，都江堰市水利局设4个职能科室和机关党委（总支、支部）。

1、都江堰市水利局办公室

协助局领导对各科、室及其下属事业单位工作进行综合协调，组织协调局机关日常工作和目标管理工作；负责局机关文秘档案、政务信息、信访、重大会议、机要保密、建章立制；负责局机关绿化、安全保卫、社会治安综合治理工作；负责车辆、文印、电脑等后勤管理工作；负责局机关宣传思想政治、精神文明建设工作，；组织办理人民代表建议和政协委员提案；承办全局人事管理、劳动工资和计划生育工作；承办局党总支和工、青、妇、纪检监察的日常工作。

2、都江堰市水利局计划财务审计科

编制水利工程建设项目的中长期规划和年度项目计划；编制财务预、决算报告；负责农业灌溉水费征收和水利资金筹集；负责局属单位财务内审工作，做好全局国有资产、资金的监督管理以及水利、水产、防洪等基本建设全过程的财务监督管理；负责局机关和局属单位财务会计管理、培训和监督；拟定财务管理规章制度；负责局属系统的综合统计工作。

3、都江堰市水利局水利科

负责全市农田灌溉用水工作；渠系整治配套；农田水利基本建设；丘陵山区治旱、人畜饮水、水源补充工作；拟定实施水利工作年度计划；负责全市支渠规划、设计、工程施工、维修管护工作；指导斗、农、毛渠规划设计维修保护工作；负责水利工程项目储备，申报立项，工程建设施工监督、质量检验和预决算；水库安全监测及病险水库的整治；水利设施管理，水利服务体系建设；全市农业节水工作。

4、都江堰市水利局水产科

负责全市渔业生产、水产养殖技术推广和新品种推广及培训指导工作；渔业资源的保护规划及水产资源及水生野生动物的保护；水生动物防疫、境内检疫工作；负责养殖水面使用证审批和渔业捕捞许可审批工作；实施渔政执法，监督管理工作。

机关党委（总支、支部）

机关党委负责局机关和下属单位的党务工作、纪检、监察、职工思想政治教育及工会、共青团、妇联等群团组织的工作；协助有关部门做好水利系统党风廉政建设工作。