根据上述职责，市交通运输局设9个内设机构：

（一）办公室

组织协调局机关日常工作；起草重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织；负责值班、文秘、综合调研、政务信息、督办、机要、保密、信访、档案、修史编志和机关后勤管理、接待工作；负责局机关的安全及保卫工作；负责交通运输系统计算机网络管理工作。负责全市交通运输系统的目标管理考核工作。

（二）组织人事科

负责局机关干部人事、劳动工资、机构编制管理等工作；按规定承办局属单位领导干部及直属单位的人事、劳动工资、机构编制、职工养老和医疗保险、交通行业技术工种职业技能鉴定、等级考核、教育培训管理等工作；协助有关部门组织、指导交通专业技术职务评审和智力引进工作；负责局机关及直属单位出国（境）人员的政审及呈报工作；负责承办交通运输行业人员职业资格评审工作；负责管理和指导全市交通运输行业的教育工作；指导交通系统职业技术教育、继续教育工作。指导直属单位的党建工作。

（三）政策法规科

组织开展交通运输行业政策调研；研究拟定国家有关法规、政策的实施办法并组织实施；负责法制教育、交通法制宣传、执法监督和政务公开工作；承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作；承办局机关行政复议和行政应诉工作；指导交通运输行业行政执法。指导交通行业精神文明建设和执法队伍建设。

（四）计划统计科

组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织起草相关行业发展规划，参与拟订全市物流业发展规划，提出有关政策和标准；负责下达全市交通建设、养护计划，并检查其执行情况；负责市公路、水路建设项目的预可、工可和初步设计审批、审查报批及后期评估工作；负责国、省公路养护、管理工作；负责技术改造、引资项目管理工作；负责公路水毁补助经费的核定工作；负责交通运输行业统计、预测、信息引导工作；指导市公路管理局和农村公路管理处有关业务工作。承担市国防动员的交通战备日常工作。

（五）基本建设科

负责全市公路、水路交通基础设施建设的管理和监督工作；组织贯彻执行全市公路、水路交通运输基础设施建设行业政策和技术标准；负责管理和监督全市公路、水路交通建设市场，维护平等竞争秩序；负责对公路、水路交通建设工程招投标实施管理与监督；负责组织协调国家、省级公路工程项目建设；指导市公路管理局和农村公路管理处有关业务工作。负责并指导市交通工程质量与安全监督管理处监督管理公路、水路交通建设工程质量和定额、造价控制、竣工验收等有关工作；组织开展全市公路水路交通有关技术研究和经验交流。归口管理交通行业的标准、计量和科技信息及交通学会工作。

（六）运输管理科

负责全市道路、水路客货运输，管道运输，地方铁路，车船修造、搬运装卸、运输服务市场的行业管理；负责制定有关政策以及运输线路、运力、站场等的布局和宏观调控规划；负责交通运输业户和交通运输外资、合资企业的资质审查；指导和协管运输及相关业务价格；组织协调重点物资、应急客货运输工作；按规定承担物流市场有关管理工作；指导全市交通运输行业节能减排工作；负责对所属企业的管理、指导和监督；负责全市交通系统突发事件的处置协调工作。制定全市公共汽车、城市出租汽车、等城市客运行业发展规划；承担公共汽车交通运营、轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁等的指导监管工作；负责指导市城市公共交通管理 处有关业务工作。承担市内民用机场的有关管理工作。

（七）安全监督科

宣传贯彻交通安全生产的方针、政策、法律、法规和规章；参与起草有关交通系统行业安全的政策规定；监督实施道路、水路运输、公路水路工程建设和已运营交通基础设施安全生产政策；承担有关交通运输企业和有关建设工程、企业安全生产监督管理工作，公路、水路交通建设工程质量与安全生产的监督管理工作；负责指导市交通工程质量与安全监督管理处和市地方海事局有关业务工作。依法组织或参与有关事故调查处理工作。负责指导、监督交通直属企事业单位的安全（消防）保卫工作。

（八）财务会计科

负责指导、监督全市交通运输行业的财务会计工作；组织制定有关规章制度并监督执行；负责交通国有资产管理和交通投、融资管理；负责交通基础设施产权转让、审查报批工作；负责交通系统内部审计、政府采购的审查报批工作；负责编制局属事业单位经费预算并监督执行；负责局机关经费的管理工作。负责指导市城市通行费征收管理所有关业务工作。

（九）老干部管理科

负责局机关离退休人员和交通系统改制企业离休干部管理、服务工作，指导直属单位的离退休人员管理、服务工作。

纪委（监察）机构按有关规定设置。