协助局领导组织机关日常工作，对各科室工作进行综合协调；负责对局党委重要决策和工作部署的督办和检查；负责重大会议的组织；负责机关内部规章制度建设； 负责人大代表、政协委员的建议、提案办理工作；负责水利宣传工作；承办文秘、文电、政策调研、政务信息、保密、文书档案、信访、接待工作；承办机关财务工作。
负责局机关的机构编制、人事、劳动工资、保险福利、专业技术干部职务评聘和工人技术等级考核等有关工作；指导全市水利行业安全生产、队伍建设等工作；负责水利行业有关的职业技能鉴定；负责离退休人员的管理服务工作；负责精神文明建设及机关党群工作，负责指导协调局属二级单位有关人事、党组织建设工作。
研究提出全市水利发展战略、中长期规划和年度投资建设计划，拟定主要河流的流域规划；合同有关部门制订水中长期供求计划；负责审查水利工程项目建议书及可行性研究报告并提出审查意见；组织协调流域开发工作；负责组织重大水利工程环境评估报告的初审并报批；组织指导防洪规划工作；负责全市水利综合统计工作；指导水利行业的财务、会计管理；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；对水利资金的使用进行宏观调节；对水利系统的国有资产进行监督管理；指导局属单位的财务工作。
负责水法律法规的贯彻实施；指导全市水资源统一管理和保护；组织指导全市水政监察和水政执法工作；协调跨县（市、区）的水事纠纷；承办水利局行政诉讼、行政复议和行业普法教育工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收管理制度；负责全市城市供水的水源规划和全市节约用工作；组织拟定全市和跨县（市、区）的水长期供求计划、水量分配方案；组织水功能区的划分，监测江河、水库水量、水质，审核水域纳污能力，提出不同水功能区限制排污总量控制意见；组织、指导水利设施、水域及其岸线的管理与保护。
贯彻、拟定水库枢纽建设管理有关政策、规章及技术标准；组织指导全市河流、水库、河口滩涂等水域及其岸线的治理和开发；组织、指导全市水利工程项目的建设与验收；负责全市水利工程管理工作；组织指导水库、水电站大坝等安全监管；指导全市城市防洪工程建设，负责拟定全市水利建设、设计、施工、监理单位的资质标准及执业人员的资格标准，并负责其资质初审；负责全市水利设计、施工单位的行业管理及建设市场监管。
负责全市水土保持工作；协调全市水土流失综合治理；研究拟定全市水土保持工程措施规划并组织实施；负责组织水土保持法律法规的贯彻实施和监督检查；研究提出水土保持的政策措施；组织全市水土流推动态监测；初审水土保持方案编制资格证，并负责定期考核管理；负责水保规费收缴；组织开展水土保持科学研究。
拟定灌区、灌排工程管理有关政策、规章及技术标准；指导全市农村水利工作和城镇供水、节水灌溉、泵站排涝、农村饮水及农村水利改革工作；组织拟定全市灌区工程发展规划、续建配套和更新改造计划，并监督实施；指导全市农村水利社会化服务体系建设和农田水利工程管理制度建设。
指导水利行业的水电管理；负责制定全市中小河流水电开发规划及水电建设的中长期计划和年度计划；负责全市水电站及小电网的开发建设和管理；负责中小水电站建设项目的初审；组织水利系统电工特种作业人员的技术培训、考核和发证等工作；组织协调农村水电电气化工作，负责全市农村水电电气化发展规划和电气化规划的拟定、报批工作，并组织实施；指导协调水利化行业农电体制改革、农网建设改造和城乡用电同网同价工作；开展水电行业政策研究，制订有关行业标准和规章。
市防汛抗旱指挥部办公室（市水利建设指挥部办公室）设水利局，为全额预算的科级事业单位，管理人员实行公务员制度。其主要职能是：贯彻执行国家、省有关防汛抗旱工作的政策、法规和国家防总、省防汛抗旱指挥部的规定、调度命令；负责组织全市防汛抗旱工作，承办市防汛抗旱指挥部的日常工作，组织实施全市防洪抗旱调度；负责市水利建设指挥部的日常工作。
