重组的种类繁多，分子机制和过程也很复杂，但DNA链的断裂和重接是最基本的重组机制。由于断裂后需要填平缺口和重新连接，这就牵涉到DNA的复制合成，所以一些参与DNA复制和修复的酶都可能与重组有关。基因作为遗传的物质基础应该是相对稳定的，以保持生物的遗传性，作为一种生物而繁衍下去，但生物的基因并不是一成不变的，基因重组为生物的变异和生物进化增添了新的内容。

生物进化树显示：在低等的大肠杆菌和啤酒酵母中基本上没有非同源重组；某些高等真菌和原虫中，同源重组和非同源重组大体各占一半；到了线虫和果蝇等无脊椎动物中，同源重组在所有重组事件中比例已经很小，而在哺乳动物中这一比例是最小的。

“回归机制” (fallbackmechanism ) 的理论具有一定权威性。这种机制假定，当染色体DNA发生双链断裂时，距离中心粒较远的DNA将在下一个细胞分裂周期中丢失。因此，通过非同源重组将脱落的DNA片断随机地连在染色体的任何一个地方，都比让它们完全丢失更有利。这是一种保持染色体完整性的方法，对动物个体的存在是有利的。2100433B