电气与自动化工程学院(原电气工程系)，创办于1995年，1996年招收首届学生（专科）。2001年9月，经江苏省教育厅批准，电气工程系与南京工业大学联合招收电气工程及其自动化专业本科生。2002年，三江学院升格为本科院校，电气工程及其自动化专业为首批本科专业之一，并于当年招收本科生。2006年4月电气工程系更名为电气与自动化工程学院，下设电气工程系、自动化系、自动化研究所、自动化系统工程师资格认证（ASEA）培训中心、自动化系统工程师资格认证（ASEA）技能测试中心、电工培训中心、专业实验室、院办公室、学生工作办公室等九个部门。其中，电气工程系设有电气工程及其自动化本科专业和电力系统继电保护与自动化专科专业；自动化系设有自动化本科专业、电气自动化技术(省特色专业)、建筑电气工程（楼宇智能化系统方向）专科专业。
