中华人民共和国成立至1983年，嵊州未设审计专门机构，财经监督职能，由县财政税务等部门行使。 1984年4月根据全国人民代表大会第五次会议公布的《中华人民共和国宪法》第109条规定，县级以上地方各级人民政府设立审计机关，地方各级审计机关依照法律规定，独立行使审计监督权，对本级人民政府和上级审计机关负责。经县人民政府批准，嵊县审计局正式成立了。
1984年10月县人民政府核定县审计局行政编制6人，后又增编2人，合计8人。建局初期，实有4人，其中党员1人，参加县人民政府办公室党支部活动。单位财务由县财政局管理，办公地点在县府大楼三楼。
1985年11月绍兴市编委、人事局、财政局、审计局联合发文，增编4人。
1986年7月，成立嵊县审计局党支部。
1987年初增编10人，合计编制22人。
1987年6月，成立嵊县审计局工会。
同年7月，实行公务员制度，市编委核定编制为24人。
1988年3月，嵊县编委（1988）3号文件批复，同意建立嵊县审计事务所，为全民事业单位，实行有偿服务，定编3人，经费由财政拨款。
1988年6月，根据县编委1988年20号文件批复，县审计局设二股一室机构。一股负责商粮贸，农林水，金融保险，行政事业单位审计，二股负责工交，二轻、基本建设审计，办公室负责综合、会计、文书、出纳、档案、车辆、信息等工作。
1989年1月起审计事务所实行自收自支，独立核算。
1990年5月，成立县审计局党组。
1990年县审计局对股室工作范围进行调整，设置三股一室。一股负责行政事业单位、基建审计，二股负责工业、交通企业审计，三股负责粮食、商业、金融、财政审计，办公室职能不变。
1993年11月省审计局浙审管字（1993）164号文件批复，同意嵊县审计事务所更名为嵊县审计师事务所，成立时间自嵊县编委批准之日算起。
1996年2月开始，审计师事务所下设二部一室。即工商审计部，基建审计部和办公室。
1997年7月，根据市编委（1997）08号文件批复，审计局设四科一室（规格均为股级），一科为行政、事业、基建审计科，二科为工交外贸企业审计科，三科为商粮贸企业审计科，四科为财政、金融审计科（三科、四科暂合并）。
同年8月嵊州市编委（97）8号通知，市审计师事务所编制从3人增至10人。实有人员14名（其中局派4名）其中有注册会计师5名（原称执业审计师）。
1988年1月市事务所内设机构进行调整，增设验资部。调整后，内设机构有工商审计部、基建部、验资部和办公室。
同年3月根据上级文件，绍兴市会计协会对市事务所进行全面清理检查，验收合格。
2000年起，市审计师事务所转制为股份制企业，与审计局脱钩。
2001年为加强对基本建设监督力度，成立基本建设工程审核中心，为事业单位，公开招收五外业务人员。
2002年5月，根据社会主义市场经济发展需要，市编委嵊编（2002）46号文件批准市审计局内设机构仍为四科一室，但对科室职能作了调整，审计一科改为行政事业单位审计科，二科改为金融外贸经济责任审计科，三科改为财政经贸审计科，四科改为固定资产投资审计科。办公室名称职能不变。
2003年3月审计局妇联成立。
2004年9月共青团支部成立。
2006年3月，嵊编〔2006〕6号文件批复，同意我局增设法规科和计算机中心2个内设科室，人员编制内部调剂解决。
2008年10月，嵊编〔2008〕29号批复，同意设立嵊州市计算机审计中心定编1名，经费来源全额拨款。
2010年5月，嵊编〔2010〕5号文件批复，同意市审计局设置办公室、综合科、行政事业审计科、经济责任审计科、财政社保审计科、固定资产投资审计科、金融国资审计科等七个内设机构，并相应调整各科室承担的职能，人员编制及领导职数不变。
2011年7月，嵊编〔2011〕16号文件核定市审计局机关编制22名，领导职数为一正二副。下设7个职能科室(机构规格为股级)，分别为办公室、综合科(审理科)、行政事业审计科、经济责任审计科(市经济责任审计工作联席会议办公室)、财政社保审计科、固定资产投资审计科、金融国资审计科。下属两个事业单位，嵊州市基本建设工程审核中心，为全民事业单位，编制6名，经费自收自支。嵊州市计算机审计中心，为全民事业单位，编制1名，经费财政全额拨款。
2013年9月，嵊编〔2013〕54号文件批复，同意我局所属事业单位"嵊州市基本建设工程审核中心"更名为"嵊州市政府投资项目审计中心"；经费由自收自支调整为财政全额拨款。
嵊州市政府投资项目审计中心主要职责为：受市审计局委托，承担对政府投资项目概算或预算执行情况、建设项目的标的编制、设计及工程量变更、工程结算(工程造价)、竣工决算、投资绩效等环节的全过程审计监督。组织社会中介机构开展审计，对组织社会中介机构审计项目的质量实施管理和监督。
嵊州市政府投资项目审计中心与审计局固定资产投资审计科合署办公，内设综合室、投资审计一室和投资审计二室3个专业部门，对外以投资审计中心名称开展工作，隶属审计局领导和管理。综合室负责投资审计计划组织、招标控制价审核、竣工决算审计和日常事务等工作。投资审计一室负责概算及概算调整、施工合同审查，参与招标文件、邀请招标审查、工程变更现场签证审核。投资审计二室负责工程跟踪审计、结算审计和绩效审计。
