1899年时，日本人在台湾中部的阿里山地区发现了大面积的森林，因此开始研拟采伐计划，其中包含阿里山铁道的修筑。1910年时嘉义至竹头崎之间的路段通车，阿里山铁道开始局部营运，而北门驿也在当年完成启用。与当时铁路沿线上的其他车站有点不同的是，北门车站并不只是一般的车站而已，它与嘉义车站分别构成一面积非常广大的木材专业区之东界与西界，附近设有包括营林所、贮木池、制材场之类，与伐木有关的设施，以及负责车辆维修调度的北门修理工厂。

在森林资源开采停止之后，阿里山铁路主要的用途渐渐被转为观光客运方面。今日的北门车站分为位于铁路北侧的新站与位于南侧的旧站两部分，实际的旅客运输业务完全是由北边的新站负责，而旧站部分则保留作为纪念馆与观光景点使用。虽然阿里山铁路是举世知名的山岳铁路，但距离起点不远的北门车站仍位于嘉义市的平原地带，海拔只有31米。

1899年 - 日本人发现阿里山森林。 1912年 - 阿里山铁道正式通车，开始有二万平至北门驿之间的木材载运列车开始行驶。 1918年 - 为服务铁道沿线居民与登山者，林务单位开始在运材列车后方加挂客车兼营客运业务，称为"便乘列车"。 1933年 - 位于嘉义与北门车站间的荣町车站，与位于北门与湾桥间的卢厝车站开始营业，阿里山铁道开始具有通勤路线的作用。 1973年 - 北门新站完工启用，原本的旧站则作为货运与维修车站用途。 1998年 - 木造的旧北门车站在4月30日时被公告为嘉义市定古迹，但却在5月发生火灾烧毁一半的房舍，11月时由嘉义林管处整修复原。 2001年 - 旧北门车站(北门驿)附近的景观改善工程完成，门口前的道路被改为观光用的行人徒步区。