与普通V型发动机相比，VR6在进、 排气系统上采用的是不对称的设计，气缸与气缸之间相互交错意味着从进气总管引入的新鲜空气很难进入远端的气缸侧，反之废气也很难从远端的气缸汇总到排气总管。同时由于进、排气系统相对复杂的结构占用了气缸盖的大量空间，使得气缸盖周围的温度很高。因此大众在早期的VR6发动机上都采用的是每缸两气门的设计，以保证其良好的散热以及结构的简单化，而且采用了椭圆形的近缸进气道和圆形的远缸进气道来控制空气流速，务求尽量平均。

如果VR6发动机按照主流的DOHC每缸四气门的设计，这就需要在狭小的气缸盖内安装4根凸轮轴，这几乎是不可能的事情，而大众的工程师则给出了一个很巧妙的回答。与传统的DOHC和SOHC不同，虽然4气门的VR6仍在气缸盖内布置了两根凸轮轴，但是每根凸轮轴可以同时控制两列气缸的进气门或排气门。这样则很好的解决了空间不足等问题，而且这种设计也可以将可变气门正时系统引入其中。如果说到它的不完美，则是需要通过摇臂来控制气门的运动，因此要损失一部分能量。

全新的VR6发动机另一个较大的变化就是缸体材质由铸铁换成了铝合金铸造，让发动机的散热更良好。同时在进气系统上，VR6发动机采用了塑钢材质的进气道，同时带有进气长度可变的控制装置，通过旋转可以在不同的进气通道间切换，实现高低转速下更佳的扭矩输出。

可变进气歧管的核心部件通过翻转来达到改变进气道长度的作用

图中显示四缸引擎其中两缸的排气歧管。由左边的剖面可以看到排气歧管直接连接在排气孔后，再结合为一。排气歧管在设计上会尽量让各缸的阻力相同，以让排气顺畅。

新鲜空气与汽油混合进入引擎燃烧后，产生高温高压的气体推动活塞，当气体能量释放后，对引擎就不再有价值，这些气体就成为废气被排放出引擎外。废气自汽缸排出后，随即进入排气歧管，各缸的排气歧管汇集后，经过排气管将废气排出。而就如进气歧管一样，气体在排气歧管内也是以脉冲的方式离开引擎，所以各缸的排气歧管长度及弯度也要设计成尽量相同，使各缸的排气都能一样的顺畅。