根据上述职责，市南水北调工程领导小组办公室设5个内设机构：
（一）综合科。
协助办领导组织协调机关日常工作，建立、实施机关规章制度；负责党组会、主任办公会议的组织、记录及会议纪要的整理、印发；负责机关党群工作，承办纪检、监察和党风廉政建设工作；负责文秘、保密、督办工作，起草或组织有关科室起草综合性文稿；负责年鉴、史志的编纂工作；负责机关电子政务，组织协调实施管理信息系统项目建设工作；负责机关编制、人事、职工教育培训以及外事工作；负责机关档案和工程建设项目档案的管理工作；负责宣传工作，组织协调重大宣传活动；负责接待、综合性会议的安排工作；负责职工福利、后勤保障、安全保卫、机关基础设施建设等项工作；负责组织协调机关信访工作；承办办领导交办的其他工作。
（二）发展规划科（市南水北调区域经济技术协作办公室）。
组织十堰境内南水北调专项规划的编制、申报以及规划项目的争取和实施工作；指导、协调市直相关部门及县市区开展南水北调相关项目的争取和实施工作;组织和配合开展全市南水北调规划项目的督办检查和相关稽查工作；组织境内南水北调工程规划、项目建议书、可行性研究报告、初步设计及相关专项评价、论证报告的编制、审查和报批等前期工作；参与对口支援、中线区域经济技术协作的具体争取工作，协调督办对口支援和中线区域经济技术协作资金项目的推进与落实；参与全市对口支援、中线区域经济技术协作情况的调查研究，为社会提供合作交流信息公共服务；协调、推进本市与中线沿线地区在经济、科技、基础设施、人才、教育、文化、卫生等领域的合作交流工作；协同有关部门做好中线沿线友好地区、对口支援地区代表团(组)的来访接待工作和市领导对中线沿线有关经济技术协作出访的联络与服务工作。
（三）环境保护科。
协调有关部门监督检查南水北调中线十堰库区移民政策的执行情况；组织开展丹江口库区水源保护和生态建设工作；参与、指导、监督工程影响区文物保护工作；负责涉及水质污染等相关问题的调查核实，提出整改意见并检查督办落实；组织编制水污染治理年度计划；参与检查环保设施运行情况，协调处理工程建设过程中出现的环境问题；组织争取国家“以补代促”资金，负责其资金项目的监督管理。
（四）建设管理科。
按有关规定监督管理南水北调工程建设项目和资金的使用情况;组织争取南水北调生态补偿政策，监督管理南水北调生态补偿资金;负责建设项目年度投资计划的编制、上报和调整工作，下达并监督实施投资计划；提出工程配套投资建议计划，拟订地方配套工程投资方案；
参与工程合同、经济合同的签订和项目招投标、竣工验收及评估工作；负责机关预算的编制、执行和财务、劳动工资及资产管理；负责会计核算、编制会计报表，提供会计信息资料；负责拟订单位及系统财务与会计管理工作制度，指导系统内部财务会计管理工作；负责汇总、编报统计报表，编写计划执行情况分析报告；负责系统内部审计工作；参与工程经济运行机制和供水水价方案的研究。
（五）政策研究科（市南水北调政策及技术研究中心）。
负责搜集、分析、研究南水北调有关动态、政策、法规，拟订相应方案对策；负责南水北调相关政策、技术课题研究；参与研究服务南水北调工程建设相关法规和管理办法；参与南水北调办公室重大专题和特性项目任务书的组织编制及评审；负责提供调水工程的政策和技术咨询服务；研究提出工程建设管理中的有关政策和管理办法，组织调研拟订地方规范性文件;负责南水北调政策及技术研究、推广基地建设项目。
南水北调工程丹江口库区文物调查
南水北调中线水源区丹江口市水质保护调查
十堰市南水北调工程领导小组办公室人员编制