人工接种是栽培黑木耳成败的关键工序，也是新法栽培最大的特点。接种时间，一般以气温稳定在15℃以上，有利于黑木耳菌丝生长的时候。具体时间因各地气候条件不同而有差异，南方各省约在3~4月间。适当提早接种，有利早发菌，早出耳，同时早期接种气温低，可减少杂菌，害虫的感染。接种前，先将段木表面清洗，再放阳光下晒2~3小时后备用。人工接种常用的菌种有木屑菌种、树枝菌种和楔形木块菌种。接木屑和树枝菌种的，要用电钻或直径11~12毫米的皮带冲 打孔，穴探15~2厘米。一般纵向种穴间距离10~12厘米，横向种穴间距离为4~6厘米。如适当密植，把纵向种穴间距离缩短至6~7厘米，有利于发菌和提高产量。行与行的穴交 错成品字形或梅花形排列。木屑菌种要塞满穴，外加比接种穴直径大2毫米的树皮盖，盖平、盖紧，以防菌种干燥。接树枝菌种的，种木要与耳木平贴。打穴、接种、盖盖等要连续作业，以保持接种穴、菌种和树皮盖原有的湿度，才有利于菌种的成活。采用楔形木块菌种的，要用接种斧或木工凿，在段木上砍凿成45°角2厘米深的接种口，然后用小铁锤将楔形木块菌种打入接种口，锤紧、锤平。

成熟的黑木耳，颜色由深转浅;耳片舒展变软，肉质肥厚耳根收缩，子实体腹面产生白色孢子粉时，应立即采收。

采收的时间，最好在雨后初晴或晴天早晨露水未干，耳片柔软的进行。采收时用手指齐耳基部摘下，并把耳根处理干净，以免溃烂。如遇阴雨天，成熟的耳片也要采摘，以免造成烂耳。

采下的黑木耳，摊薄在晒席上趁热晒干。未干前不得翻动，防止耳片内卷失去美观。阴雨天可把湿耳在室内摊开晾干，等晴天再晒或用炭火烘干。干制的黑木耳，随即装入塑料袋，藏放干燥通风处，以防吸潮变质。

栽培黑木耳的场地，应选择海拔在1000米以下的背风向阳，光照时间长，遮阴较少，比较温暖，昼夜温差小，湿度大，而且耳树资源丰富，靠近水源的地方为好。

场地选好后要进行清理，首先把杂草、枯枝烂叶清除干净，开好排水沟，并在地面上撒石灰和喷敌敌畏等进行灭菌杀虫。