根据上述职责，县水务局内设7个职能股（室）。
（一）人秘股（挂行政审批服务股牌子）
协助局领导做好局机关各股室工作的综综合协调；负责全局文秘综合工作，包括秘书、文件收发、文印、信息、保密、档案、信访、督查等；负责机关日常管理、承担局机关并指导全县水利单位的财务管理工作；负责局属各单位、乡镇水务站的水利资金使用和财务内审工作，对全县水利工程资金使用进行监督管理；负责局机关和下属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、职称评聘等工作，组织局机关及下属单位机关公务员和技术干部的考核、培训工作；负责水利行政许可审批服务的公开和办理日常工作。
（二）水利建设管理股（挂质量监督站牌子）
负责对全县水利水电工程建设进行行业管理，编制、指导河道水库的综全治理与开发计划，组织贯彻落实河道、水库等水域、岸线、水利工程管理和保护的各项规章制度及水利工程管理体制改革工作，组织有关工程的建设和验收；负责对本县范围内的水利工程建设管理和规划编制；负责全县水利行业的质量管理，贯彻有关工程建设的法律法规、规程规范并监督实施；负责全县涉河、涉堤建设项目审查及监督或上报，牵头组织河道清障工作；组织指导水昨工程注册登记、安全鉴定、监测、安全管理工作，负责对全县水库、圩堤工程技术建档工作；负责水利水电工程勘测、设计、施工、监理、咨询及招标代理机构的资格审查和申报工作。
（三）水政水资源股（挂水政监察大队牌子）
负责编制全县水利法制建设规划、组织水法规宣传，拟定法制建设有关规章制度和改革方案；负责指导全县水政监察和水行政执法工作，负责组织对本级管理的违法案件的查处水事纠纷的调处，承办本局行政诉讼，行政复议工作；负责全县水资源统一管理和保护工作，组织实施取水许可证制度、依法审批、发放取水许可证，依法征收水资源费；负责全县河道采砂管理和采砂许可审查、发证工作，依法征收河道采砂管理费；负责组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测河道、水库等水域的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；负责编制全县水资源的公报，指导全县计划用水，节约用水和城市供水的水源规划工作；协助实施河道清障工作。
（四）水土保持股
负责县水土保持委员会的日常工作，协调有关部门进行水土流失综合治理；负责组织全县水土保持预防监督和综合治理工作，拟定水土保持规划，年度计划及监督实施；负责审批开发建设项目的水土保持方案并监督实施，负责对违反水保法规案件的查处，负责全县各项水保规费的征收；负责管理全县农村“四荒”资源开发治理工作；负责贯彻水土保持技术规程，规范并监督实施；负责全县水土流失的动态监测并公告，对有关法律、法规的执行情况实施监督。
（五）农村水利股（挂县农田水利基本建设指挥部办公室、局农村饮水工作领导小组办公室牌子）
拟订全县农村水利的政策和发展规划，组织贯彻实施有关规范、标准和规章制度；组织协调指导全县农田水利基本建设，负责情况的收集、统计、上报工作；负责乡镇水利工程管理服务站的行业管理；指导乡镇供水、农村节约用水、农村人畜饮水、血防等工作；组织拟订灌区规划，指导灌区改造、配套以及灌区和机电排灌站建设；组织上报有关工程计划及竣工验收等工作；指导全县水利工程水费征收管理工作，指导全县农田水利工程管理制度的改革；指导全县水利经济、水利综合经营工作，负责提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见；指导全县农村水利工程项目的建设管理，配合县财政、计委、农业、国土、农业开发办等部门搞好农田水利基础设施项目的规划编制设计、施工技术指导、质量监督管理工作。
（六）农村小水电建设管理股
负责贯彻落实上级有关农村水电电气化建设管理方针政策，组织编制农村水电电气化规划和年度计划，按期上报水电电气化进展；负责全县水能资源规划管理指导全县水电建设管理工作，负责水电建设项目的规划编制、申报，以及500KW以下小水电站的项目勘察、审批工作；负责以电代燃项目和农村水电电气项目的实施工作；农村小水电站的安全渡汛和安全规范运行以及行业管理工作。
（七）防汛抗旱指挥部办公室
奉新县防汛抗旱指挥部办公室。承办指挥部日常工作，组织、指导全县防汛抗旱工作；组织制订全县一般小（一）型、小（二）型水库、小型圩堤和全县中型水库、万亩以上圩堤的渡汛方案、防洪预案和抗旱方案的编制、上报下达及组织实施；对全县洪旱灾害情况收集、统计上报；组织防汛抗旱法规、政策的贯彻实施。
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