江心洲污水处理厂现设有办公室、生产科和设备科三个职能部门，中心控制室、化验室两个技术部门，江边泵站、污水预处理班、生化处理班、污泥处理班、变电站和排放泵房等六个生产运行班组。

建厂以来，江心洲污水处理厂先后通过了ISO9001、ISO14001与OHSAS18001质量、环境、职业健康安全管理体系的贯标认证工作，取得了国家环保总局颁发的“环境治理设施甲级运营资质”证书，获得了“全国城市污水处理厂运行管理示范项目”、“全国城镇污水处理厂十佳运营单位”、“江苏省城市污水处理厂先进单位”、“南京市创建国家卫生城市、创建国家环保模范城市先进单位”等荣誉。

随着人们环保意识的提高，江心洲污水处理厂越来越受到社会各界的关注，每年接待大量的国际友人、社会团体及业内同行来厂参观、交流，并作为诸多高等院校学生的培训实习基地，为环保事业的发展和人才的培养做出了积极贡献。

为全面提升企业形象，江心洲污水处理厂在各班组大力推行以“整理、整顿、清扫、清洁、素养”为主要内容的“5S”标准化管理体系，同时全体员工严格按照运行管理科学化、标准化、制度化、精细化的要求，秉承“勤奋、敬业、忠诚、协作”的企业精神、用“优质、规范、高效”的服务意识，以“细节决定成败，态度决定一切”的责任意识和工作态度，努力把江心洲污水处理厂建设成为“技术先进、管理一流、环境优美”的现代化花园式工厂。2100433B

处机关设办公室、党群工作部、运行维护部、工程管理部、计划财务部、人力资源部、技术设备部、安全保卫部、工会（退管办）9个部门，共设有江心洲污水处理厂、仙林污水处理厂、管线管理所、闸站河道管理所、排水监测站、给排水工程公司6个基层单位。

主要负责全市污水管道、污水泵站、雨污合流泵站和部分雨水管道、雨水泵站以及市管水闸、内秦淮河截流沟等排水设施的运行维护，并负责江心洲污水处理厂和仙林污水处理厂的运行。同时，承担部分排水工程的建设任务。