第一步，对种子进行破壳处理，莲子的果皮具有坚而厚的特殊结构，在种子充分成熟干缩以后，水分和空气不易透入，呼吸作用非常缓慢，处于被迫休眠状态。所以莲子可以在土中埋藏数百年甚至上千年而不萌发也不腐烂，这是莲子长寿的原因。为了使莲子在播种后吸收水分和氧气，打破被迫休眠状态，进入萌发生长，在种子催芽前，必须进行破壳处理。
莲是倒生胚珠，胚芽着生于种子的顶端，破壳时应击破种子的基端，即种子在花托上着生的一端，也就是莲子凹入的一端。可以用剪刀或是老虎钳将其夹破。播种前一般只要磨破果皮(即莲子的硬壳)，见到褐色种皮为止;夹壳时只要在基部来2-3毫米裂口即可，切勿夹去太深，以免伤胚。浸种一天后，待胚吸水胚膨胀，果皮吸水变软时，可以用手沿着破壳处剥去果皮的1/3，使胚外露，以利胚芽伸长。必须注意:破壳部位不能过大过多，如果把莲子的硬壳全部去掉，胚芽就失去保护，极易腐烂死亡。
第二步对种子进行浸种催芽 将已破壳的种子，浸于50度左右的温水中。浸种的水要清洁，不含油腻、污物，也不要用高于50度的水，否则会影响发芽。水温自然下降，最后保持在30度左右，不宜高于40度或低于20度。如水温高于40度时，种子虽在头一天萌发迅速，但以后生长则受到抑制，水温低于20度时，则种子发芽生长过于缓慢。家庭少量浸种时可放入保温瓶中保温。温度在30度的条件下，一般浸种催芽3天即可萌发，胚芽从破口处伸出。在此期间，每天需要换水1-3次，并要及时清除不能发芽的种子。在一般情况下，达7天仍不萌发的种子，就不会在发芽了。没有发芽能力的种子往往会上浮在水面上，胚芽发黄，子叶霉烂、发臭。(也可以直接用自来水浸种，不需要用温水或加热，浸种大约二天就可以萌发。)
碗莲多用精制碗盆水培，如小彩缸等，看上去十分美观。即使用碗，也必须用口径25厘米左右，深20厘米以上的大碗，因为容器过小，碗莲生长受限制，很难开好花。
种子出苗后，应在25℃左右条件下进行水培育苗5-7天。在水培育苗期间，莲苗根系吸收力弱，生长主要靠种胚提供养分，一般不需要施肥。在水培育苗过程中应保持水层深10厘米左右，并给予充足的光照;不宜经常换水或翻动，以免叶片因经常改变其生长方向而过度伸长;应让叶柄保持在水中，叶片自由平展于水面。待第一片叶放开，第二片叶即将放开，长出白色根系时，即可定植。碗莲容器内要施以盆土1%左右量的基肥，然后加入塘泥至盆深2/3处。碗莲泥土少，养分不足，要经常施肥，但必须薄肥勤施。碗莲经一年栽培，肥力下降、地下根茎密集，宜每年早春发芽前翻钵换土。
等芽长到10厘米左右，可以移栽。根据碗莲种植的需要，选择土壤装入花钵内后，放入清水，并将土、肥拌和均匀。待泥水澄清后，将水培苗定植于花钵的中央，以种子全部入泥为度，使叶片自由舒展于水面。移植时应注意，不可折断叶柄，以免影响生长。植后保持3-5厘米水层，但千万不可把叶片淹没水中。碗莲喜光，花钵应放置在阳光充足处。幼苗娇嫩，遇阳光日灼有的会焦枯，但一般会发芽成活。浇水也不要过多，以提高水温，促进生长。待长出7-13片浮叶后即可出现立叶。将种藕首尾相接，顶芽朝向容器中央栽入盆中。栽好后加水至2-3厘米，晒干再加水，重复两三次，使种藕和泥土充分密结，不易飘浮。夏季碗莲必须天天加水。
