办公室（环境宣传教育处）
协助局领导组织协调机关党务、政务工作；拟定局机关年度工作计划、总结和规章制度并督促实施；负责会议组织、文电处理、政务信息、档案管理、安全保卫和保密等工作；承办人大建议、政协提案和领导批件；负责信访工作；负责局机关行政事务工作和局系统固定资产管理工作；组织协调创建国家环境保护模范城市工作，负责城市环境综合整治定量考核工作，参与“创卫”工作；牵头负责实施市、区县长目标责任制；负责市环境保护委员会办公室日常工作；负责全市环保系统信息网络建设、维护和管理工作。负责全市环境保护宣传教育工作；组织社会各界广泛开展环境保护宣传活动；协调环境新闻报道工作；会同有关部门开展环境教育、培训工作；建立和完善环境保护公众参与激励机制，推动公众和非政府组织参与环境保护；负责环境保护社会表彰和国际环境奖项的推选工作。
人事处
负责局系统党的组织建设、思想作风建设和基层领导班子建设等工作，协助管理区县环境保护局领导班子成员，指导全市环保系统干部队伍建设；负责局机关直属单位机构编制、人事管理等工作；负责全市环保系统干部培训和继续教育工作；负责局机关和直属单位人员出国（境）审查工作；组织全市环境保护行政表彰和评比先进工作；负责局机关离退休干部服务管理工作；指导区县环境保护局行政管理体制改革和规范化建设。
化工园分局
南京市环保局化工园区分局为市环保局派出机构，受市环保局委托，代表市环保局履行对化工园区企业环境保护监督管理和行政执法职能。
1、贯彻执行国家、省和市环境保护的法律、法规和方针政策，协调化工园区（或环境管理区域）经济发展与环境保护之间关系，确保化工园区发展过程中环境与经济建设协调发展，预防环境污染和生态破坏。
2、在全市环保规划的指导下，组织编制和实施化工园区污染防治规划，参与制定化工园区总体发展规划和区域开发计划。
3、监督管理化工园区水体、土壤、空气、噪声、固体废物及有毒有害化学品污染防治工作。
4、负责园区生态保护工作。
5、负责园区内新、改、扩建项目环境管理工作，负责限额内建设项目环保预审、环境影响评价、“三同时”管理以及竣工环保验收；参与省及国家批准项目环境影响报告书审查及“三同时”验收工作。
6、监督园区内排污单位贯彻执行国家及省、市环境保护法律、法规和方针政策情况，组织实施排污许可、污染源限期治理、行政代执行等环境管理制度，确保园区内排污单位达标排放。
7、对园区内排污单位、建设项目执行环境保护法律、法规和制度情况以及污染源排污情况进行现场监察和监督监测，对环境污染事故和生态破坏事件进行调查处理；负责园区内排污单位排污费的征收工作；调查处理园区内环境污染举报投诉、检举控告和污染纠纷。
8、结合城区生产力布局调整，做好化工、医药企业的搬迁建设过程中的环境管理工作。
9、组织制定和实施确保环境安全的预警机制和应急预案，防范环境风险。
固体废物管理处（核与辐射监督管理处）
负责对全市工矿企业固体废物污染环境保护工作实施监督和管理；建立全市固体废物申报登记档案；处理危险废物以及废弃危险化学品污染事故；制定处理全市危险废物以及废弃危险化学品污染事故的应急处置预案，编制应急手册。依法对全市核与辐射安全实施统一监督管理；负责全市伴有辐射设施实行排污申报登记，发放排污许可证；负责市管放射源事故的调查处理和定性定级；组织建设和管理全市核与辐射安全监测网络。
监察处
组织全市环境监察和环境行政稽查工作，负责拟定全市环境监察工作规划、年度计划及有关制度；组织有关单位、部门对全市建设项目、排污单位执行环境法律法规和制度情况、以及污染源排污情况进行现场监督检查；对环境污染事故和生态破坏事件进行调查处理，协同处理地域间环境污染纠纷；组织全市排污费征收工作，负责市直管单位排污费的征收与解缴工作；组织协调“环保110”联动，负责环境违法行为举报和施工噪声的统一管理工作，调查处理市直接受理的环境污染举报投诉、检举控告和污染纠纷；负责污染源远程监控技术的推广和监管工作；指导协调全市环境监察机构的规范化建设工作。
政策法规处
组织起草地方性环境保护法规和规章；组织全市重大环境问题研究；组织对重大经济和技术政策、发展规划和重大经济开发计划进行环境影响评价工作；负责环保行政处罚、行政复议和行政诉讼应诉工作；负责推行环保行政执法责任制，组织对贯彻环保法律、法规的执法检查；负责实施企业环境行为评价、公开工作，组织对有关单位环保执法情况进行咨询、论证和审核工作。
自然保护处
组织实施自然生态保护法律、法规和规章；监督管理全市自然环境保护和农村生态保护工作；组织编制并监督检查全市生物多样性和自然保护区发展规划，参与新建各类自然保护区初审；监督检查野生动植物、珍稀危物种保护和湿地环境保护工作；负责生物技术环境安全管理工作；组织全市生态示范区（点）建设和环境优美城镇创建工作；归口管理郊县的环境综合整治定量考核工作；负责全市饮用水源地污染防治监督管理工作；监督对生态环境有影响的资源开发活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作。
开发建设环境管理处
组织实施全市建设项目环境保护管理的法律、法规和规章；负责全市新、扩、改建项目和区域开发建设（含生活小区建设）项目以及其他特殊建设项目的环境管理工作，负责市限额内建设项目的环保预审、竣工验收工作；审批和参与审批限额以上建设项目及区域开发项目环境影响报告书；监督建设项目“三同时”工作；负责处理跨区域建设项目环境管理中的纠纷；配合国家、省环保部门对环境影响评价持证单位以及环境管理咨询中介机构进行管理。
污染控制处
组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物以及有毒化学品的污染防治法律、法规和规章；组织实施全市排污许可、污染源限期治理、行政代执行等环境管理制度，协助上级做好危险废物经营许可、废物进出口的审核和管理工作；组织编制环境功能区划，组织拟定和监督实施市重点流域、重点区域、重点污染企业的污染防治规划；负责对市直管企业、有关行业等工作污染环境保护工作实施监督管理；会同有关部门管理污染企业搬迁、实施污染集中控制、淘汰污染严重的落后工作和设备；指导环境污染防治示范工程建设；协助国家、省环境保护部门做好放射性物质、电磁波辐射和核安全的监督管理工作。
计划财务处
组织编制和实施全市环境保护中长期规划、年度计划和排污费征收计划；编制全市污染物排放总量控制计划；参与制定全市经济和社会发展中长期规划、计划，以及国土开发整治规划、区域经济开发规划、产业发展规划、资源节约和综合利用规划，参与编制城市总体规划中的环境保护内容；组织协调环境保护国际条约市内履约的工作，归口管理全市环境保护对外交流合作工作；编制并组织实施市污染治理资金和环保补助资金使用计划；负责全市排污费征收管理与使用等财务管理工作；负责局机关财务管理工作；参与全市环保系统国有资产监管和物价、收费管理工作，负责内部审计工作；负责全市环境统计和排污申报管理工作。
监测科技产业处
管理全市环境监测工作，组织编制和实施年度环境监测计划，建立和完善环境监测制度，组织实施环境监测标准规范；组织编制环境质量报告书、环境质量状况公报和重点污染源排污状况报告；指导全市环境监测网络建设和管理以及各级环境监测站标准化建设等工作；组织实施国家和省环境标准，拟定和实施地方环境标准，组织实施计量认证和质量管理工作；编制并组织实施全市环境保护科学技术发展规划和年度计划，组织环保科学技术协作、技术咨询、技术攻关和实用技术推广工作；组织环保科研成果鉴定以及评奖工作；负责管理和推进全市环境管理体系标准认证的有关工作；参与推进清洁生产、环境标志认证工作；负责对我市以及进入我市的环保产品和企业资质的备案工作；负责全市机动车污染防治监督管理工作。
监察室
监督检查驻在单位及所属系统执行党的路线、方针、政策和决议情况，遵守国家法律、法规和执行党中央、省政府决定、命令等情况；根据《中国共产党章程》、《行政监察法》规定的范围，对驻在单位党组（党委）及其成员和其他领导干部实行监督检查；协助驻在单位党组织及有关部门，抓好党风廉政建设、纠正部门和行业不正之风、案件查处工作，会同有关部门对党员、干部进行党纪、政纪教育；监督检查驻在单位及所属系统党风廉政建设责任制的执行情况；督促、协助驻在单位研究制定本系统、本行业源头治理、惩治腐败的措施；受理对检查、监察对象的控告及申诉，调查处理检查、监察对象违反党纪、政纪的案件；完成市纪委、监察局和驻在单位党组（党委）、行政领导交办的其他事项。
依据国家环保总局《关于进一步加强环境监理工作若干意见的通知》（环发[1999]141号）的有关规定，各级环境监理机构是依法对辖区内一切单位和个人履行环保法律、法规，执行环境保护各项政策、标准的情况进行现场监督、检查、处理的专职机构。市环境监察支队受南京市环保局的委托，承担的
（1）贯彻国家和地方环境保护的有关法律、法规、政策和规章。
（2）依法对全市范围内污染源排放污染物及污染治理设施运行的情况、建设项目“三同时”执行情况、及一切单位或个人执行环境保护法律法规的情况进行现场监督、检查；参与污染治理项目年度计划的编制，并负责该计划执行情况的监督检查。
（3）负责向全市排放污水、废气、固体废弃物和噪声等污染物的单位或个体工商户征收排污费；并负责排污费财务管理和统计报表的编报汇审工作。
（4）负责全市一切排污单位排放污染物申报登记的组织、实施、审核、汇总及上报工作。
（5）负责对各类环境违法行为的现场调查、取证、向市环保局提出行政处罚建议并负责执行市环保局做出的处罚决定。
（6）负责对“自然保护区”、“生态示范区”等自然生态保护情况的现场监督检查。
（7）负责对区域“噪声达标区”及“烟尘控制区
南京市生态环境
XXX市环境保护局突发环境事件应急预案