整个遗址位于马其顿区东北部。遗址共分为四个部分:内有46座城堡的古城墙，长4公里，高10米，厚度位2 米;建于13世纪的拜占廷浴室;大约建于1320年的圣·凯瑟琳教堂，这个拜占廷式的教堂于1430年被改建为清真寺;建于13世纪末期的圣·潘捷列伊蒙大教堂。

拜占廷博物馆位于一座建于1848年佛罗伦萨式的伊利西阿别墅内，1930年，这座别墅改建为博物馆，专门收藏公元5至15世纪拜占廷时期文物的博物馆。馆的前面是庭院，正中心是一个大水盆， 它是以扎佛尼式镶嵌砖砌成的喷泉为原形制作的。在两个拱廊的下面，有一幅作于5世纪的镶嵌画，描绘了一只苍鹭与蛇搏斗的场景，还有各种按地区和年代顺序排列的各种神像。整个博物馆是双层式建筑结构，底层包括一个门厅和5个展览室。门厅上面陈列着公元4至6世纪的早期基督教特征的雕刻作品。门的两侧有来自于雅典卫城山上的雕刻残片和古墓里的雕刻遗物。第二个展览室是于5至6世纪重建的长方形教堂。第三个展览室中陈列的全部是9至15世纪拜占廷时期的雕塑作品。这些作品中有圣母像、狮子侵吞瞪羚以及许多取材于希腊神话中的浮雕，如有关耶酥门徒的装饰画与浮雕以及来自于科弗岛的威尼斯执政官的石像等。第四间展览室是重建于11世纪拜占廷式的十字架形教堂。屋子的中心是圆形穹顶，由圆柱与半露的壁柱支撑着，地面由红黑两色几何形图案相间的镶嵌画，墙壁上绘着圣母与圣婴的壁画。第五间展览室是后期拜占廷教条的复制品，如清真寺形式的平顶四方形建筑。这个展览室中有雕刻、涂金的木制饰屏，有来自小亚细亚的主教宝座，有来自基莫洛斯的用于宗教活动中的棺木，以及来自阿塔兰塔、泽尔菲与雅典等地已废弃的教堂里的壁画等。二楼是由门厅和两个展室组成的，收藏着神像、镶板画和巨幅壁画等。这处遗址不仅景色宜人，而且遗址中的收藏物品多种多样，一切都处于良好的重修状态，将这座重要城市的动荡变化历史完整的记录下来。

塞萨洛尼基由于从初期基督教时代开始在向欧洲的传教过程中发挥了重要的作用，所以与基督教相关的宗教建筑为数众多。游人可以观赏到5世纪的阿西洛比伊斯特教会和奥西奥斯·达比德教会、7世纪的圣德米特里教堂、圣蒂米托利奥斯被囚禁后埋葬的地窟教堂地下室、进入拜占庭时代之后的壁画以及镶嵌画。