根据上述职责，市财政局设16个内设机构：
（一）办公室。
负责文电、机要、信息、调研、宣传、档案、保密、外事、接待、信访、安全保卫、政务公开、办公自动化、机关财务和资产管理等机关日常工作；负责重要会议的组织、重要文件的起草；负责机关、直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资等工作；指导财政系统的精神文明建设；组织财政系统的表彰活动；拟订和实施财政系统人员培训教育规划；负责计划生育、因公因私出境报批、老干部的管理等工作；协助做好党组织和工会、青年、妇女工作。
（二）法规科。
协调拟订有关规范性文件和实施办法并监督执行；承担有关行政处罚听证、行政复议和行政应诉工作；承担国家赔偿费用管理工作；承担有关法制宣传教育工作；承担和组织税收调查研究有关工作；承担涉及法律、法规相关的协调工作。
（三）预算科。
研究提出财政发展规划，编制中长期财政收支计划；拟订地方性政府债务管理办法；承担预算管理制度的制定和执行工作；代编年度全市预决算草案，编制年度市级预决算草案和办理预算核拨；管理市级财力；拟订市级部门预算管理制度；承担市直部门预算的审核、批复、调整工作；承担市财政与省财政结算、对县市财政总决算的批复等工作；实施分税制财政管理体制；拟订市对县财政管理体制方案，指导、检查县镇财政管理；管理和分配市级城建维护资金；负责市级偿债准备金统一管理；承担市级有偿资金和防范化解金融风险准备金管理工作；指导乡镇财政管理体制改革工作；指导、监督县级财政收支平衡工作。
（四）国库科。
拟订国库管理及财政总预算会计核算制度；承担市级财政资金调度和财政总预算会计工作；分析全市预算执行情况；汇总编制全市财政总决算；统一管理市财政资金账户；统一管理市级预算单位银行账户开立、变更和备案；承担国债兑付及相关管理工作；研究和推行国库集中收付制度；指导下级财政总预算会计工作。
（五）综合科。
承担交通、物价等方面的部门预算有关工作；分析预测宏观财经形势；拟订全市非税收入管理制度，承担市级非税收入收支管理工作；参与行政事业性收费项目、标准的审核工作；承担罚没财物收入管理工作；拟订彩票管理制度，承担彩票收益分配和市场监管工作；承担国土、海域、矿产、彩票公益金等专项收入和政府性基金的管理工作；承担交通、交警专项资金收支管理工作；承担财政票据的管理工作；参与监管住房保障和住房公积金。
（六）行政政法教科文科。
承担行政、政法、教育、科技、文化等方面的部门预算有关工作；拟订行政性经费的财务管理制度和开支标准；承担市安排的现役部队、武装警察部队专项资金等方面经费管理工作；提出有关收入分配政策和改革方案的建议；承担行政、政法部门因公出国（境）经费审核工作；承担行政、政法部门办公场所修缮、车辆及设备购置等专项经费管理工作；承担出差和会议定点饭店采购及日常管理事务；承担统一着装管理工作；承担教育、科技、文化、出版、广播电视、体育、计生、档案、地震及其他部门事业经费管理工作；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作。
（七）工贸发展科。
承担工交、地质、安全生产、电力等方面的部门预算有关工作；参与拟订国家与企业分配制度；承担工交、商贸等企业财务制度的制定和管理工作；组织拟订国有资本经营预算制度，承担市级国有资本经营预算编制、执行和监督工作；承担财政支持现代产业、环境保护、安全生产等服务经济社会发展的财政专项资金的管理工作；拟订粮食等重要物资储备的财政制度，承担有关资金管理工作；配合上级管理部门对资产评估行业的监管工作；承担市级产业园区的专项资金和财务管理等工作。
（八）农业科。
承担农业、林业、海洋渔业、水利、国土、气象、扶贫等方面的部门预算有关工作；承担契税、耕地占用税的征收管理工作；承担农口部门有关专项资金及基建项目管理工作；承担监狱、劳教财务管理工作；拟订财政支农资金管理办法；承担村庄规划、廉租住房保障专项补助资金管理工作。
（九）经济建设科。
参与投资体制改革和财政性资金计划安排；参与国债资金的安排、审核和监督；参与审核财政性资金投资项目工程概算，承担财政性资金投资项目工程预算、结算和竣工财务决算审核工作；承担财政投资重大工程项目的财务监管和其他项目财政性投资的财政监督工作，负责对市级财政性投资项目的资金拨付审核；拟订代建项目财务制度；参与工程造价管理。
（十）社会保障科（与市社会保险基金财政管理办公室合署）。
承担社会保障和就业、医疗卫生等方面的部门预算有关工作；拟订社会保障资金财务管理制度；承担社会保障资金财政监管工作；编制市级社会保障预决算；拟订养老、医疗、失业、工伤、生育等社会保险基金财务管理制度；承担社会保险基金财政监管工作；审核全市社会保险基金预决算，参与研究社会保险制度改革；参与社会保险基金收缴、拨付、核算等管理工作。
（十一）外经金融科。
承担外经贸、旅游等方面的部门预算有关工作；拟订和执行涉外、地方金融的财政管理制度；指导和监督外经贸、旅游、外商投资、境外企业执行财务会计制度；承担有关涉外收入的监缴和管理工作；承担地方金融机构财务监管和市属金融企业国有资产管理工作；承担非贸易外汇管理工作。
（十二）会计科（挂农村财务管理办公室牌）。
承担全市会计管理工作；承担会计人员从业资格核准和会计电算化指导监督工作；指导代理记账工作；参与依法审核会计师事务所及其有关业务的工作；承担注册会计师行业的有关监管工作；协同有关部门做好会计专业技术资格考评工作；指导、监督农村财务管理工作；指导、监督农村财务公开与民主管理工作；承担村组民主理财小组成员的培训工作；承担农村集体经济审计监督与管理工作；监督村级债务管理工作；会同有关部门拟订财务总监的管理规章、制度、办法和财务总监人员的工作守则，并监督实施；负责财务总监的任免工作；会同有关部门审定需要委派财务总监的市属资产经营公司、授权经营的集团公司、财政拨款的基本建设重点项目和重点行政事业单位；会同有关部门负责市属单位财务总监的招聘、委派、培训、考核等工作。
（十三）绩效评价科。
承担财政支出绩效管理工作；拟订财政资金支出绩效评价管理的有关制度；拟订财政支出绩效评价指标体系、评价标准及业务规范；承担组织实施财政项目预算绩效目标的审核及财政支出绩效评价；承担年度会计决算布置和开展企业、行政事业单位等会计决算报表汇总分析工作，提出建立公共资源统计报告制度和建立公共资源数据库的建议。
（十四）行政事业资产管理科。
组织拟订本级行政事业单位资产配置及资产费用标准，参与提出有关年度预算计划；承担市级行政事业单位国有资产配置、处置和对外投资、出租、出借、担保等事项审批工作；承担本级行政事业单位国有资产收益监缴工作；承担行政单位未脱钩经济实体、事业单位创办的具有法人资格的企业以及市级文化企业国有资产管理工作；承担产权登记、产权界定、产权纠纷调处、资产评估、资产清查、统计报告等工作。
（十五）农业综合开发办公室。
拟订农业综合开发项目、资金管理和财务管理制度；组织编制农业综合开发计划及中长期规划、年度预算和决算；承担财政性农业综合开发资金安排及管理；开展项目前期准备和申报工作；按计划组织项目实施，检查项目和资金的执行情况，组织项目竣工验收。
（十六）监督检查办公室。
依法对财政收支进行监督检查；依法对国家机关、社会团体、企业、事业单位和其他组织会计信息质量进行监督检查；依法对注册会计师行业进行监督检查；依法处理相关违法违规问题。
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