中国环境监测总站内设机构18个，分别为办公室、党办、人事处、财务处、科技处、监测管理室、质管室、综合室、大气室、水室、土壤室、污染源室、物理室、生态室、预报中心、分析室、应急室、质检室。
办公室
（一）起草总站工作计划、总结，制定完善站务、后勤管理制度，协助站领导处理日常工作。
（二）承办站务会议、站领导班子会议、职工大会及监测站系统综合性会议的会务工作。
（三）承担综合事务协调、站务督办、公务接待和应急监测后勤保障工作。
（四）承办公文流转、审核、印制与分发工作，负责办公自动化、机要、保密、档案与总站印章管理。
（五）运行管理总站网站、微信公众号，归口协调新闻采访，组织政务信息编撰上报和全国环境监测系统业务信息报送与审核发布，编辑出版《我的总站我的家》季刊。
（六）承担纳入集中采购目录范围和采购限额标准以内的货物、工程和服务类政府采购，负责总站和国家环境监测网固定资产管理工作。
（七）承担住房公积金、房产基建、安全保卫、消防安全、车辆保障、交通安全、大楼物业、食堂、阅览室管理等工作。
党办
（一）负责党的路线、方针、政策和上级党组织各项指示的贯彻落实和宣传教育，执行党委的指示、决定。
（二）依据党委的部署和要求，开展调查研究，为党委决策和指导工作提供依据。
（三）组织落实党委、纪委各项工作，负责党员教育、管理和监督。
（四）起草党委、纪委工作计划、总结及其他文字材料，制定各项制度、规定。
（五）协助党委指导各党支部开展党建工作，承办党委日常工作。
（六）协助纪委开展党风廉政建设工作，承办纪委日常工作。
（七）指导工会委员会、青年工作委员会、妇女工作委员会开展工作。
人事处
（一）负责干部和人才队伍建设，制定总站人才队伍建设规划、计划，组织实施干部、职工教育培训。
（二）制定职工考核管理办法，组织职工绩效工资考核，年度工作总结、考核与奖惩工作。
（三）承担机构、职能、人员调整，中层干部选拔聘任，干部监督，专业技术职务评聘，职工招录、岗位聘任，人员调动相关工作，拟订相关规章制度。
（四）负责职工工资福利，出国政审，社会保险，人事档案，离退休人员和提前离岗人员管理。
（五）负责职工体检，公费医疗报销审核，计划生育工作 。
（六）承担国家级环境监测培训工作，拟订环境监测技术培训规划、计划并牵头组织实施。
（七）建立环境监测培训体系，编制经费预算，编写工作总结、评估报告，承办培训事务性工作。
财务处
（一） 贯彻执行国家财经法律、法规、规章和上级规定，负责总站财务管理和会计核算工作。组织编报、审核汇总部门预算、决算，监督管理各项经费使用情况。
（二） 负责财务审核报销、工资发放、税务申报缴纳、财务统计报表报送等工作。开具并管理各项财务票据。会计资料定期归档。承办总站经费对外拨付事宜。
（三） 负责定期编报有关财务报表和会计资料，分析财务状况，指导监督经费使用。
（四） 负责拟订单位财务规章制度，并监督执行。
（五） 负责站内外部审计工作和财务监督。
（六） 负责基建、工会经费的财务管理工作，并会同有关部门做好基建、工会经费的预算、决算工作。
（七） 负责国有资产的财务管理。
科技处
（一）牵头组织编制环境监测技术体系，提出环境监测标准规范制修订立项建议，组织开展环境监测标准规范制修订工作并监督执行，参与ISO相关国际标准的制修订工作。
（二）负责编制总站科技发展规划并组织实施，承担总站科研项目立项、实施、评审、验收、成果申报、登记等管理工作，承担总站知识产权和专利的申请与管理工作。
（三）归口总站对外科学研究、标准制定、技术合作等项目的联系，管理网络运行、能力建设、科学研究、标准制定、技术合作和委托监测等项目合同，负责管理业务合同专用章。
（四）负责外事管理工作，承办总站重要外事活动及国际交流合作工作，负责收集、编译和发布环境监测技术国外最新动态。
（五）负责总站学术委员会、中国环境科学学会环境监测专业委员会、全国环境监测方法标准化委员会和中国分析测试协会会员单位的日常事务性工作。
（六）负责《中国环境监测》杂志的编辑、出版和发行工作。
（七）协助总工程师、副总工程师完成技术文件、报告审核及日常相关工作。
监测管理室
（一）牵头拟订国家环境监测网规划、计划，协调推进能力建设等相关任务落实。
（二）开展环境监测理论、政策与发展战略研究，承担相关法规制度与规范性文件编制的技术支持工作。
（三）承担国家环境监测网建设项目、运行经费项目的管理工作,负责签订运行经费拨款协议，组织项目预算、汇总、评审、申报、验收与绩效管理。
（四）组织总站本级和国家环境监测网建设与运行项目招标工作，牵头编制招标文件（商务部分），负责项目合同审定和招标文件资料的立卷归档工作。
（五）归口联系委托监测业务，牵头协调对社会检测机构、运维机构的监督管理与技术支持工作。
（六）承担对全国环境监测系统的业务指导，建立完善交流联系机制，集中受理汇总地方环境监测机构意见建议。
（七）承担法务工作
质管室
（一）负责全国环境监测系统质量控制与质量保证技术体系建设，制定国家环境监测网和重点污染源的监测数据质量控制与保证工作计划，指导并监督执行，汇总、编写全国环境监测质量控制报告。
（二）负责全国省级环境监测站和国家网运维机构技术人员持证上岗考核工作，承担国家计量认证环保评审组的日常管理工作。
（三）承担国家环境监测能力考核（验证）和环境自动监测现场质量核查工作。
（四）负责总站质量管理体系建设和运行，制订质量管理体系文件并监督实施，承办总站实验室资质认定评审和技术人员持证上岗考核工作，管理总站CMA专用印章。
（五）负责运行、维护国家环境监测颗粒物称重中心和臭氧一级校准实验室的运维工作，负责环境保护环境监测质量控制实验室的建设、运行与管理。
（六）开展环境监测质量控制技术研究，拟订环境监测质量管理技术规范，承担全国环境监测质量管理与控制技术的支持与指导，健全环境监测质量管理技术体系。
（七）承担对社会化检测机构、运维机构的环境监测质量管理与控制技术的支持与指导。
（八）负责环境监测质量管理技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
综合室
（一）组织评价全国及流域、区域环境质量状况，编写《中国环境状况公报》、《中国环境质量报告》和全国环境质量会商材料等综合性环境质量报告。归口编写各项综合性环境监测专项报告。
（二）承担重大环境事件应急监测和国家重大活动环境质量综合会商与报告编写工作。
（三）负责环境质量监测技术综合评价方法研究，拟订相关技术标准与规范。
（四）组建全国环境监测信息传输网络，承担全国环境监测数据联网传输工作，承担全国环境监测信息共享与发布。
（五）负责拟订环境监测信息化建设标准、规范，组织实施各类环境监测信息系统的研发、建设、运行、维护与管理工作。
（六）负责总站数据库建设，内外网运行、维护和安全管理，归口管理总站软件开发、管理工作。
（七）负责环境质量综合评价和环境监测信息化技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
大气室
（一）承担国家环境空气质量监测网城市站的社会化运维管理，检查监督站点运维情况，协调处理运维问题，逐日在线复核监测数据；组织背景环境空气监测站、区域环境空气监测站的运行维护；承担酸沉降监测网、沙尘影响空气质量监测网、温室气体监测网的运行管理工作；负责环境空气组分监测网的运行管理工作，提供数据并编制相关报告。
（二）依托国家环境空气质量监测网，负责相关监测数据的收集、审核与分析评价，编制城市空气质量周报、月报、季报、半年报、年报；编制背景环境空气质量年报、区域环境空气质量年报、酸沉降状况年报、沙尘影响空气质量年报；承担重污染过程分析报告、国家重大活动/重要节日空气质量报告等各种专项报告和排名考核评估报告；承担空气质量数据的实时发布。
（三）负责国家网环境空气、酸沉降、沙尘暴等环境质量监测的内部质量控制工作，开展相关质量控制抽测和比对监测，编写内部质量控制报告。
（四）开展环境空气监测技术研究工作，建立环境空气监测技术体系，拟订相关技术标准与规范；承担全国环境气、酸沉降、沙尘暴、温室气体等环境监测技术指导工作；承担空气环境监测布点、采样等现场监测和评价的技术支持工作；开展空气自动监测新技术的应用研究及试点推广工作。
（五）负责编制国家环境空气、酸沉降、沙尘暴、环境空气组分监测网、移动监测等专项能力建设技术方案并组织实施。
（六）承担环境空气重污染期间的专项监测工作，负责激光雷达站点的运行维护维及移动监测，提供数据并编制相关报告。
（七）负责空气、酸沉降、沙尘暴等相关调查监测，承担东亚酸沉降监测网（中国网）和中日韩沙尘暴合作项目的技术管理和日常工作。
（八）负责国家空气监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
水室
（一）承担国家地表水环境质量监测网、地表水环境质量自动监测网、近岸海域环境监测网的监测工作、组织开展集中式饮用水源地水质监测网的监测工作。
（二）依托国家地表水环境质量监测网、地表水环境质量自动监测网、集中式饮用水源地水质监测网、近岸海域环境监测网，收集和审核监测数据，编写相关水环境质量定期报告及专项报告，编制《中国近岸海域环境质量公报》；为国家地表水考核排名、近岸海域水质考核提供评价方法和考核评估报告。
（三）负责国家地表水环境质量监测网、地表水环境质量自动监测网、近岸海域环境监测网的质量控制工作，编制年度质控方案，开展相关质量控制抽测和比对监测工作。
（四）开展地表水、近岸海域水样品采集、保存及现场监测技术研究，开展相关水质评价技术研究，拟订相关技术标准与规范；开展水生生物和近岸海域生态环境监测与评价技术的研究工作；开展水质自动监测及新技术应用研究。
（五）负责国家地表水环境质量监测网、地表水环境质量自动监测网、近岸海域环境监测网的能力建设规划、项目建设方案编制及实施。
（六）负责相关地表水、近岸海域水环境质量专项调查监测，承担国界河流联合监测工作，参与流域和近岸海域重大环境污染事件应急监测技术支持工作。
（七）负责流域、近岸海域水环境质量监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作
土壤室
（一）按照国家土壤环境监测网管理要求，提供网络建设技术要求，协助完善和动态管理国家土壤环境监测网。
（二）依托国家土壤环境质量监测网，开展国家土壤环境例行监测；收集、审核和评价监测数据，编写土壤环境质量年度报告和专项报告。
（三）负责建立健全国家土壤环境监测网质量管理体系；负责国家土壤环境监测网监测质量管理工作，制定质量控制和质量监督等质量管理工作计划并组织实施，编写质量控制报告。
（四）开展土壤环境监测技术研究工作，建立健全土壤环境监测技术体系，拟订土壤环境监测技术规范和土壤监测方法制修订计划建议稿；按照国家和行业标准方法管理计划，承担土壤环境监测技术规范和标准方法制修订。
（五）负责编制中央本级土壤环境质量监测能力建设技术方案并组织实施。
（六）承担全国土壤环境监测技术指导和支持工作。
（七）承担国家土壤环境专项监测工作，开展土壤环境质量预测和风险评估。
（八）负责国家土壤监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
污染源室
（一）承担污染源监测、环境统计和污染源排放清单编制的技术工作，负责技术业务体系构建、质量控制及数据联网与分析等工作。
（二）负责固定污染源、机动车排放污染物现场监测技术和评价方法研究，负责污染源监测新技术的应用研究与技术开发工作，拟订相关技术标准与规范。
（三）承担全国污染源监测的技术支持与技术指导工作，开展污染源监督性监测、排污单位自行监测的监督检查与抽测，承担相关专项调查监测。
（四）负责全国污染源监测数据联网工作，研制开发污染源监测数据管理软件，汇总和分析全国污染源监测数据，编制各类污染源监测报告和专报信息。
（五）负责全国环境统计调查制度设计，开展环境统计指标体系、调查方法和技术路线研究，拟订环境统计技术标准和规范。
（六）负责全国环境统计数据库建设，研制开发环境统计软件，收集、汇总与分析全国环境统计数据，编制各类统计报告。
（七）负责环境统计质量控制工作，建立环境统计质量控制体系，开展环境统计数据审核与质量检查。
（八）承担污染源排放清单编制技术支持工作，开展源清单编制技术研究，拟订源清单编制标准规范。
（九）负责污染源排放清单数据库建设，研制开发源清单编制软件，承担源清单数据的收集、处理和共享工作，开展源清单数据质量审核，编制有关分析报告。
（十）承担建设项目竣工环境保护验收、环境保护部城市环境综合整治定量考核、环保模范城评比的技术支持工作，承担相关标准规范的研制工作。
（十一）承担排污许可证管理的污染源监督性监测及污染源执法监测技术支持。
（十二）承担污染源普查技术支持工作，承担产排污系数的研究工作。
（十三）负责污染源监测、环境统计、源排放清单编制、建设项目竣工环保验收等技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
物理室
（一）负责建立完善噪声、振动、光污染、热污染等全国监测网络，组织开展相关监测工作，负责收集、审核、汇总、评价全国城市噪声、振动、光污染、热污染等监测数据，编写相关监测报告。
（二）负责噪声、振动、光污染和热污染监测的内部质量控制工作，开展噪声环境质量抽测工作，编写内部质量控制报告。
（三）开展噪声、振动、光污染和热污染监测与评价技术研究，拟订相关技术标准、规范，承担相关专项调查监测。
（四）负责编制总站和国家噪声、振动、光污染和热污染监测能力建设技术方案并指导实施。
（五）负责总站噪声、振动实验室建设、管理和维护。
（六）承担全国环境噪声、振动、光污染、热污染等环境监测技术指导和支持工作。
（七）负责噪声、振动、光污染和热污染监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
生态室
（一）负责全国生态遥感监测、生态地面监测和农村环境监测工作，评价全国生态、农村环境质量状况，编写全国生态环境质量报告和农村环境质量报告。
（二）负责生态环境质量监测数据的传输、审核、验证等质量控制工作，编写质量控制报告。
（三）负责国家生态环境监测网点的运行维护，组织运维公司和委托监测单位开展国家生态环境监测和专项调查监测工作，编制相关能力建设技术方案并组织实施。
（四）开展生态遥感监测、生态地面监测、农村环境监测、县域生态环境监测及专项调查监测等业务领域的监测与评价技术研究；拟订相关技术标准与规范；承担相应业务领域监测技术指导和支持工作。
（五）承担国家重点生态功能区县域生态环境质量监测评价与考核工作，收集、审核、评价县域生态环境监测和监督管理数据及材料，编写相关报告。
（六）负责三峡生态环境监测系统监测中心的日常工作，编写《长江三峡工程生态与环境监测公报》。
（七）承担生态环境监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
预报中心
（一）提供环境空气质量预报和重污染预报信息服务。
（二）通过数值模式进行污染源识别和追踪，为环保部管理部门污染控制和综合决策等重点区域大气污染联防联控机制提供技术支持。
（三）负责京津冀及周边重点区域业务化空气质量预报工作，并协调全国区域环境空气质量预报中心能力建设。
（四）负责全国环境空气质量预报预警系统的项目建设和运行管理工作。
（五）承担环境空气质量预报预警相关标准、技术规范和培训教材等编制。
（六）承担全国环境空气质量预报预警工作开展的技术指导和人员培训。
（七）负责开展环境空气质量预报相关的技术交流和国际合作。
（八）开展水环境质量预报预测及其它研究性工作。
分析室
（一）承担环境污染物及化学物质分析方法、标准、规范的制定工作，开展特殊环境污染物分析方法和实验室仪器设备应用研究，建立环境监测分析测试技术体系。
（二）开展国内环境污染物标准方法验证及国外标准方法的转化工作，负责相关技术、方法推广及技术指导。
（三）承担固体废物采样与分析方法、标准、规范的制定工作，开展持久性有机污染物与有毒有害化学品监测。
（四）开展环境与健康、环境履约监测等专项调查与监测工作。
（五）负责总站分析实验室建设、管理和维护，编制相关能力建设技术方案并实施。
（六）建立开放实验室并负责管理，协助各业务室开展业务重点、难点项目的实验室分析工作。
（七）负责环境监测分析技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
应急室
（一）承担全国重大污染事故应急监测的现场技术指导工作和现场监测工作，牵头总站环境应急监测技术支持工作，制定技术预案并组织实施。
（二）开展环境应急监测研究，构建环境应急监测技术体系，制定全国环境应急监测管理制度，建立完善应急监测技术支持系统。
（三）建立全国环境应急监测专家响应系统和仪器装备数据库，负责总站现场应急监测仪器设备、装备、物资及车辆的日常管理和保障工作。
（四）负责应急监测设备性能的比对研究工作，促进便携式、简易、快速等检测仪器设备的应用。
（五）负责指导各地方应急监测团队能力建设和技术储备，组织开展常备演练。
（六）承担环境损害鉴定评估技术支持工作，开展环境损害鉴定技术研究，拟订相关标准规范。
（七）承担仲裁监测和重点场所环境质量监测工作。
（八）负责应急监测技术培训的教材编制与师资筹备，开展相关技术交流与国际合作。
质检室
（一）负责各类环境监测仪器设备（或系统）适用性检测。
（二）负责拟订监测仪器设备的技术条件、技术规定和技术规范等标准。
（三）负责制定监测仪器设备的检定规程和规范。
（四）承担环境保护部环境监测仪器质量监督检验中心的技术和日常工作，承担中国环保产业协会环境监测仪器专业委员会日常管理工作。
（五）承担环境监测仪器设备的调查与分析，建立环境监测仪器设备名录与技术体系。
（六）负责环境监测仪器设备新方法、新设备的技术评估。
（七）负责全国环境监测仪器设备及其相关技术交流与国际合作。
环境监测质量控制浅谈
浅析环境监测质量控制
中国环境监测总站内设机构