第十二条 本办法第二章所列筹集水利建设基金来源项目的原管理体制和上缴比例不变。水利建设基金实行省、市、县三级分级征收，各级以按规定留用费额为基数。
水利建设基金的征集工作由各级财政部门负责。
第十三条 从本办法第五条规定的政府性基金（收费、附加）中提取水利建设基金，由各级财政部门按其实际收取额，每半年一次从政府性基金（收费、附加）的专户中直接划转。划转水利建设基金的基数，先由收费主管部门向财政部门申报，再由同级财政部门会同审计和水行政主管部门审核，以财政、审计和水行政主管部门核实的数据为准。
从车辆通行费和驾驶员培训费收入中提取水利建设基金，由各级公安、交通主管部门代征代缴，具体征、缴时间及其他有关事宜，由财政部门商同级公安、交通主管部门确定。
第十四条 从年度新增财政收入和城市维护建设税中提取水利建设基金，由各级财政部门直接划转。
第十五条 纳入国家计划的基本建设投资项目和技术改造项目，投资单位在立项审批前，按项目和计划投资额向有审批权机关的同级财政部门缴纳水利建设基金（属国家审批的，向省财政部门缴纳），项目审批机关凭财政部门出具的水利建设基金缴纳凭证，办理审批手续。项目竣工后，由财政和审计部门按全部投资额进行结算。
第十六条 购置机动车辆的水利建设基金的征收，需要办理社会集团控购手续的单位，由控购机关随车辆购置地方附加费同时代征代缴。其他车辆由公安部门代征代缴。控购机关和公安部门按季向同级财政部门缴纳。
第十七条 向非农业建设使用土地的单位征收水利建设基金，由土地部门代征代缴（属国家审批的，由省土地部门代征代缴）。土地部门按季向同级财政部门缴纳。
第十八条 非农业生产用水及城镇居民生活用水附加，由供水单位在向用户收取水费时代征代缴，并按季向本级财政部门缴纳。
电网销售电价附加，属省管电网的，由供电部门代征代缴，并按月逐级汇交至省电力主管部门，由省电力主管部门按季向省财政部门缴纳；属其他电网的，汇交所属主管部门，由主管部门按季向同级财政部门缴纳。
非农业生产用水、城镇居民生活用水附加和电网销售电价附加的代征代缴单位，不承担水利建设基金税费。
第十九条 县筹集的水利建设基金，40%纳入同级水利建设基金，20%缴入市水利建设基金，40%缴入省水利建设基金。市直接筹集的水利建设基金，60%纳入同级水利建设基金，40%缴入省水利建设基金。
本条上款所列上缴水利建设基金的比例不包括各市、县从本级年度新增财政收入和城市维护建设税中提取的部分。
按规定上缴的水利建设基金，应按季由市、县财政部门从其财政专户中直接划转到上级财政专户，于次年三月底以前结清。
第二十条 任何单位和个人不得扩大水利建设基金筹集范围和提高筹集标准，不得扩大减征、免征范围。
本办法第五条所列政府性基金（收费、附加）和第十一条所列收费项目中有关收费减免的规定不变。
除非农业生产用水、城镇居民生活用水附加和电网销售电价附加外，按本办法第五条、第十条规定征收水利建设基金的，不得转嫁给其他单位和个人。各级物价部门和财政部门要加强监督和管理。
第二十一条 负责水利建设基金代征的有关部门和单位，应当使用省财政部门统一印制的水利建设基金专用收据。
水利建设基金筹集和使用管理调研报告
水利建设基金账务处理