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种子微生物是寄附在种子上的微生物的通称。其种类繁多，而与贮藏种子关系最密切的主要是真茵中的霉茵，其次是细茵和放线茵。
由于种子微生物的作用往往导致种子变色、变味、发热、生霉以及霉烂，与此同时种子的发芽率总是随着霉茵的增长和种子霉变程度的加深而迅速下降，以致完全丧失。在田间感病的种子，大多数发芽率很低，即使发芽，在苗期或成株期也会再次发生病害。
