1、农田水利工程配套设施比较陈旧，农田水利工程监管机制不完善。农田水利工程是农村水利工程的重要组成部分。农田水利工程建设的好坏直接影响着农村经济的发展和人们生活水平的提高，甚至影响社会的稳定。由于我国的特殊国情地少人多，水资源分布不均匀，再加上农村地区经济相对落后，人民收入水平比较低，导致现在的农田水利设施落后于农村经济的发展。在我国的现阶段，农村的农田水利设施远远落后于世界先进的国家，由于国家财政的投入较少，单单靠地方财政很难做到建设先进的农田水利设施；
2、兴建的农村水利工程科学技术落后，应用先进技术较少。科技是社会发展的重要条件，在建设农村水利工程的过程中一定要应用先进的科学技术，但是在我国的大部分地区，新建的水利工程大多是沿用过去的水利设施来兴建的。其工程设施不仅浪费水资源，而且也造成成本增加；
3、法律法规不完善，相关管理部门体制不健全。虽然我国的相关法律法针对性地颁布了一些保护农田水利设施的条例，但是并没有规定一些具体的保护与维护措施及水利设施产权问题。因此，在具体的实践中，由于缺乏对破坏农田水利设施的人实行强制执行，从而让破坏农田水利设施的人受不到处罚。同时我国水资源统一管理事务的部门相关制度体系也不健全，存在管理技术力量薄弱，基层没有执法权，管理没有效率等问题；
4、在施工过程中存在的种种问题。水利工程施工质量直接关系到水利设施的寿命以及工程的效益。目前，水利工程施工管理水平有了很大进步，但仍存在施工队伍的质量参差不齐，质量监督制度不完善、建设单位管理体系不健全、施工管理中的不完善等问题，影响工程建设质量。因此，必须采取切实有效的措施，提高施工管理水平，提高工程建设质量。
