板式结构硅藻土过滤器工作时要求滤速在10m/h以上，一旦停止工作必须进行反冲洗，同时改变过滤单元的水流方向。同时需要注意排净上一工作周期使用的硅藻土，否则残余的硅藻土会进入游泳池。
烛式结构硅藻土过滤器（如ATLAS牌硅藻土过滤器）始终是单向水流工作，对滤速没有要求。根据国际通行标准，硅藻土过滤的最佳滤速为3~5m/h.烛式结构的硅藻土可以重复使用，停机再启动时不需要反冲洗，只有当硅藻土吸附足够多的脏污影响过滤效果时才进行反冲洗——排空过滤器即可。烛式结构硅藻土过滤器由于始终是单向水流工作，因此不用担心硅藻土会进入游泳池。
