1、水利工程施工管理理念落后
现阶段，面对水利工程施工中存在的种种问题，企业管理者大都抱着一种得过且过、安于现状的态度，对施工质量管理、成本管理、安全管理以及人员管理等的创新力度不够，极大的阻碍了水利施工管理水平的有效提升，直接影响着水利工程施工的顺利进行。
2、水利工程施工管理的成本问题
水利工程施工管理的成本消费高低的问题，是当今水利工程界较为重视的问题。由于水利工程的竞争越来越激励，投标时投标的风险不断加大，施工项目的评估存在不一致性；项目成本预算和管理制度的欠缺；施工人员对成本意识的控制能力比较差。
3、水利工程施工管理的人员管理问题
施工人员的素质在一定程度上对水利工程的施工管理方面有着一定的影响，施工人员综合素质低是施工管理存在的主要问题。其主要表现为项目施工管理人员本身具有很好的施工技术，但是由于对施工进度、材料成本以及施工质量方面控制能力有限，项目施工人员具有丰富的经验，但是缺少专业的技术以及专业人员的指导和操作。施工人员综合素养较低对我国水利工程的质量以及进步有着直接的影响。
