1、标准的立项、编制和版权产生的矛盾
水利技术标准立项主要由水利部标准化行政主管部门提出，水利企业一般很少提出标准编制项目。属于国家标准的编制计划由水利部上报建设部或国家技术监督局；水利行业标准的编制计划则由水利部标准化行政主管部门下达，标准的制定或修订均由水利部各业务司、局组织有关专家承担。因此，水利企业对编制标准积极性不高，水利技术标准适应不了市场经济机制的需要。
2、水利监理工程中存在的矛盾
在水利工程的建设过程中，水利标准适应不了市场经济的需求这一点尤为突出。因为虽然有约束监理行为的规章制度，然而在实际的过程中，监理制度却不能有效的约束项目法人、监理单位的行为，从而导致了水利工程监理工作的一系列问题。
在项目法人方面，简单来说就是由投资者组成的一个小团体，他们对水利工程的各个方面负起全责。由于水利工程是大型的国家工程，因此在筹措资金的过程中政府往往充当着重要的角色，随之而来的就是一系列的问题：第一，两种经济体制在水利工程建设中混杂，造成了思想上的糊涂。因为国家是水利工程的合法投资人，那么在项目法人方面大都由国家政府人员担任，于是在项目法人上实行的是计划经济体制，但是在项目法人这个层面之下，大都倾向于市场经济体制，两种经济体制在水利工程项目中杂糅，容易造成混乱，比如在项目法人的性质定位上，各个单位的权责分配上，监理水利工程中存在着许多不可触及的地雷区；第二，在进行水利工程的投标工作过程中，各方面的工作没有按照既定的程序走，而是暗箱操作，直接投给那些在事先疏通关系的施工单位，这些单位在水利工程的建设上无法做到有效的监理活动。
在监理单位方面监理单位大致指的是以下四个方面的内容，即第一，监理单位本身就是企业法人，第二，监理单位要拥有水利工程建设的监理资格的相关证书，第三，监理单位必须和发包方之间有监理合同，第四，监理单位的职责是提高监理服务。一般来说，我们可以将监理单位分为两种，即事业型和企业型。那么在监理单位在水利工程施工质量控制与管理上存在着哪些问题呢？第一：监理单位的性质不清不楚由于监理单位有事业型和企业型两种分类，那么在监理单位中就存在着事业单位编制以及国有企业模式两种类型，这就使得在监理过程中，监理单位无法在产权上百口莫辩，说不清道不明；第二，现阶段的监理制度存在着缺陷，无法有效约束水利工程的施工。在监理单位中，浑水摸鱼的现象屡见不鲜，在规章制度的制定上显得毫无可行性，根本无法起到有效的监理作用。第三，监理单位中的人员准入门槛低，导致监理人员不具备应有的专业知识，以及在道德作风上不规矩，这就导致监理人员的素质达不到水利工程监理人员的要求。
3、制定修订运行机制有效性差
（1）制定修订效率低，透明度不高。
（2）反映市场和企业需求不够，市场适应性差。
（3）国家标准制定修订经费使用效率不高。
4、标准化基础工作薄弱
（1）标准化培训教育工作薄弱。标准化是一门不断更新和发展的科学实践，现有标准化人员若不能时刻与日新月异的知识接轨，就会导致知识老化问题的出现。
（2）标准化经费短缺。水利行业制定的标准，无论是强制性标准还是推荐性标准，对标准化经费的支持主要体现在编制技术标准方面，并表现为补助性质，而标准化经费没有着落。
