从上世纪90年代后期开始，一些地方相继采取建设用地置换、周转和土地整理折抵等办法，盘活城乡存量建设用地，解决城镇和工业园区建设用地不足。为了引导城乡建设集中、集约用地，解决小城镇发展用地指标问题，2000年6月《中共中央国务院关于促进小城镇健康发展的若干意见》（中发〔2000〕11号）提出，“对以迁村并点和土地整理等方式进行小城镇建设的，可在建设用地计划中予以适当支持”，“要严格限制分散建房的宅基地审批，鼓励农民进镇购房或按规划集中建房，节约的宅基地可用于小城镇建设用地。”

为贯彻落实中发〔2000〕11号文件，国土资源部随后发出《关于加强土地管理促进小城镇健康发展的通知》（国土资发〔2000〕337号），第一次明确提出建设用地周转指标，主要通过“农村居民点向中心村和集镇集中”、“乡镇企业向工业小区集中和村庄整理等途径解决”，对试点小城镇“可以给予一定数量的新增建设用地占用耕地的周转指标，用于实施建新拆旧”。对目前我国土地政策具有重要影响的《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》（国发〔2004〕28号）也提出，“鼓励农村建设用地整理，城镇建设用地增加要与农村建设用地减少相挂钩”。

为了稳妥推进城乡建设用地增减挂钩，国土资源部组织开展挂钩试点工作，相继出台了一系列文件，明确了基本政策要求。试点工作初期，增减挂钩试点数量有限且试点项目区直接由国土资源部批准和指导、管理，自2009年起，国土资源部改变批准和管理方式，将挂钩周转指标纳入年度土地利用计划管理，国土资源部负责确定挂钩周转指标总规模及指标的分解下达，有关省区市负责试点项目区的批准和管理。