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玉山杜鹃以往的分类,具有叶缘反卷、叶背覆白绒毛的特征为玉山杜鹃,而叶缘平整、叶型较大、叶背覆褐绒毛的为森氏杜鹃。但两种差别不大,分布重叠且有过度区间,为了解决此争议,2004年玉山国家公园管理处委托国立成功大学蒋镇宇教授进行"台湾产特有种玉山杜鹃之保育遗传学及亲缘地理研究计划"。研究小组至玉山、南横公路等高山地区采集玉山杜鹃及森氏杜鹃样本。借由DNA分析技术,发现玉山杜鹃和森氏杜鹃应为同一种。其特征上的差异应是玉山山脉及中央山脉不同地区,高度遗传分化的结果。因此本物种统一命名为玉山杜鹃。