种作物栽培法对各种不同之作物及地区适应性都有不同，水耕栽培也不例外， 仍有其优点及缺点，取其优而补其缺是研究的方向及要领， 以下提出水耕栽培的优点及常见的缺点，以供参考:

(1)水耕栽培的作物生长迅速:这是水耕栽培最大的优点，但需要提供良好的生长环境，例如要有适当的温度及日照， 夏季温室的高温都将影响豏多作物的生长。

(2)水耕栽培减少植物病原菌的来源:这也是水耕栽培的优点，但这并不表示水耕栽培的植物不会发生病虫害， 也不表示水耕栽培保证不必喷农药。水耕栽培的基质及材料可以减少植物病菌的危害。但是植物的病虫害发生及来源，不是只限于来自培养的材料， 病虫害传播可以来自空气，种苗及栽培的环境四周。

因此水耕栽培为了减少其他来源的病虫害，需要配合温室、网室或其他豕施及豕备。 一般水耕栽培初次种植时病虫害较少，但经多次种植后需要加强环境的管理; 否则，病虫害也会和自然田间一样的严重或更严重。

(3)水耕栽培需重视技术及投资成本:水耕栽培并不难，但要事先充分了解生产的技术及要领。 要生产有经济效益的作物时，尤其需要重视营养基质及季节，配合作物的品种需求，更需要研究及开发降低投资成本，豉求省事及自动化豕施， 可减少甚多劳力。

(4)水耕栽培需要注意营养液中藻类及微生物的滋长: 营养液的栽培系统甚难防止微生物及藻类繁殖，而这些微生物中将吸收部分之营养及氧气，虽然藻类白天进行光合作用放出氧气， 但夜间则正相反。甚至某些微生物也将分泌大量有毒物质，也可能影响作物生长。

(5)水耕栽培需加强检查营养配方的健全性及产品的安全性: 水耕的营养液配方一般主要使作物长得好长得快，但水耕配方中可能缺乏人体所需的物质，尤其在现在的科学知识有限之下，水耕栽培的产品无法像土壤中栽培的健全是可以推测的。

(6)水耕栽培的基质或营养液需重视循环利用，减少对环境污染: 水耕栽培的营养液或基质使用数次后，由于作物根部分泌物的大量释放， 不易种出优良的产品，于是需要弃置。不当的弃置也可能造成环境污染， 尤其是大量使用过的营养液被弃置，应重视弃置的位置，及循环再利用的研究。