安全性较差，因为控制电锁的继电器就在一体机内，不法人员无需太多专业知识就可以通过短路或者破坏独立型门禁机来进行开门，甚至有些通过强磁铁都可以吸开独立型门禁机内的继电器从而打开电锁。虽然有些厂家进行了改良，将按钮和继电器放在电源里面，但是没有从根本上提高安全系数。设置卡的权限相当不便捷，如果一个公司有多个门需要门禁时，需要挨个设置和取消，设置工作相当麻烦，而且不知道哪些门设置了什么权限。 所以，独立型门禁系统适用于 安全级别不高（防君子不防小人的场合），成本预算很低，门数不多的场合，无需快速授权和分析门禁出入记录的场合。
