随着时间流逝，贝伦塔失去了它建造时的主要用途，防守塔霍河(Tagus River)边上的港口。在后来的几个世纪中，它被用作海关，电报站，甚至是灯塔。利用贮藏室被改造成的地牢，它也曾被用作为监狱。随着时间的流逝，该塔经历了无数次的改造。其中19世纪，改造达到了顶峰：塔本身保留了中世纪的风格，只不过要窄得多，且有四个拱顶的房间；而堡垒经改建，更加现代化，包括在原来放置大炮的地方设置了匹配物。之后，随着新堡垒的建设，贝伦塔已经失去了它当初作为特茹河防护地的作用。据说，罪越重的犯人，就被关在越底层。当潮涨的时候，底层的犯人就会被淹死。
